摘要

Ranaviruses早在25年前就出現在英國。盡管在兩種常見的兩棲動物物種中出現了數量下降和疾病，但僅進行了初步嚐試，以分離和表征導致數量下降的病毒。在以往的研究中，我們對不同種類的兩棲動物進行了機會取樣和篩選，以確定其主要衣殼蛋白(MCP)基因的存在蛙病毒3 (FV3)。在這裏，我們對MCP和開放閱讀框57r (eIF-2α的同源物)的部分進行了測序，並用於推斷不同分離株之間的關係。基於預測氨基酸序列的相關序列的地理聚類和係統發育樹提供了證據Ranavirus在三次不同的場合被引入英國。兩者之間高度同源Ranavirus無論起源物種或疾病狀況如何，分離株都加強了以前的證據，即這些病毒是多宿主病原體。此外，我們的結果與其他新興的序列具有高度的同源性Ranavirus從兩棲動物中分離出的菌株，這是引起越來越多保護關注的原因。

關鍵字

兩棲動物;新興感染;蛙病毒存在;係統發育關係;Ranavirus；英格蘭;Ranavirosis

簡介

的Ranaviruses(家庭:Iridoviridae)影響低等脊椎動物，包括兩棲動物[1,2]。一些Ranavirus在一個群落中，物種/菌株會感染大部分(如果不是全部的話)潛在的兩棲動物宿主[3-6]。然而，並不是所有的菌株Ranavirus似乎利用了廣泛的宿主物種[7]，有些甚至可能與單一宿主物種共同進化(如。虎尾蛇形蟲病毒而且鈍口螈屬tigrinum)[8]。

Ranavirosis出現在英國英格蘭東南部的一群普通青蛙(Rana temporaria)在80年代中後期[9]。從此，感染了Ranavirus在其他英國兩棲動物[普通蟾蜍(以以)] [10];侵入性普通產婆蟾蜍(Alytes obstetricans)和普通蠑螈(Lissotriton尋常的)，[11]，在某些情況下，它們對疾病的發展具有相當的抵抗力[7,12]。即使在患有蛙病毒病的普通青蛙中，也有一些證據表明，這些疾病並不總是導致死亡;例如，在普通青蛙的野生種群中觀察到與蛙病毒病一致的愈合瘡[12-14]。對這些模式的解釋可以通過確定是否Ranavirus影響普通青蛙的變種與影響其他英國兩棲動物的變種有關。這些信息將成為分析病毒和宿主的傳播途徑和共同進化的基礎，以了解宿主的範圍和英國兩棲動物群落的感染動態是如何被調節的。早期調查的關係Ranavirus根據主要衣殼蛋白(MCP)基因的部分序列，從普通青蛙和普通蟾蜍中分離出有限的、可能是無功能的遺傳分化[10]。這並不奇怪，因為MCP區域是高度保守的，之前已被證明對密切相關病毒的係統發育重建信息相對較少[16,17]。當地適應的證據鈍口螈屬tigrinum(ATV)同Ranaviruses在美國西部，[16]隻在其他係統發育信息更豐富的區域被檢測到。許多研究現在開始使用多基因或擴展序列方法Ranavirus係統發生學[15、18]。

在本研究中，我們調查了24Ranavirus分離自三種不同的英國兩棲動物物種，其中兩種可能是病原體的交替宿主(或宿主)。首先，我們使用BLAST來檢驗與其他的同源性Ranaviruses．然後，我們用兩種方法創建了係統發生樹:首先，將兩個部分基因的核苷酸序列串聯起來，構建一個樹;其次，根據預測的蛋白質序列，為每個序列單獨構建一個樹。然後我們探索樹所支持的關係，並推斷它們在其他上下文中的可能含義Ranavirus研究。

材料與方法

為了分離和培養病毒，我們用肥頭鰷魚(FMH;Pimephalespromelus)來自歐洲細胞培養集合(No. 88102401, ECACC, Oxford, UK)的細胞。細胞在25°C的Eagle 's Minimum Essential培養基(EMEM, Sigma - Aldrich, Andover, UK)中繁殖，添加1% l -穀氨酰胺(Sigma - Aldrich, Andover, UK)， 0.005%青黴素-鏈黴素(Sigma - Aldrich, Andover, UK)， 0.005%製黴菌素(Gibco, Invitrogen, Paislely, UK)和10%研究級胎牛血清(Hyclone, Perbio Science, Northumberland, UK)。

Ranavirus-陽性組織樣本來自Duffus等人[11,19]檢查過的個體。為了分離病毒，使用ultra turrax管驅動(IKA-Werke GMBH & Co. KG, Staufen，德國)將一小塊肝組織均質於15-20 mL分離培養基(0.01%胎牛血清，0.01%青黴素-鏈黴素，0.005%製黴菌素，10-4%慶大黴素和0.01% l -穀氨酰胺)中。然後使用無菌0.22 μ L注射器過濾器和注射器或帶有0.22 μ L過濾器的50 mL Steriflip©單元(英國赫特福德郡Millipore)對懸浮液進行過濾。然後將過濾過的勻漿添加到一個75厘米的容器中²或者分成兩個25厘米的²含有FMH細胞彙合層的燒瓶。每天監測燒瓶中病毒斑塊的發展情況。當細胞從燒瓶中分離90-95%後，收集病毒懸液，用無菌0.22 μ L注射器過濾器和注射器過濾，然後倒入1.5-2 mL低溫瓶中，-80°C冷凍。

病毒分離物再次通過融合75厘米傳代²FMH細胞燒瓶。每個病毒分離物的第二次傳代被用來確保所有分離物都經曆了類似的培養條件。每個flask分別接種100µL ~ 1ml的病毒分離物和25 mL的維持培養基(EMEM，添加1%的L -穀氨酰胺，0.005%的青黴素-鏈黴素，0.005%的製黴菌素和1%的研究級胎牛血清)。

燒瓶保持在25°C的冷卻培養箱中，每天監測斑塊的形成。當沒有細胞粘附在燒瓶底部時，就收集病毒細胞懸液。

使用DNEasy血液和組織提取試劑盒(QIAGEN, Crawley, West Sussex, UK)從病毒懸液中提取DNA。我們采用300 μ L的病毒和細胞懸液，病毒懸液不紡絲，不使用PBS。按照Duffus等人[19]描述的方法篩選提取液中是否存在病毒DNA，但不同的是使用了50 μ L PCR反應:25 μ L Multiplex Mix，各正向和反向引物各5.3 μ L，蒸餾水12.4 μ L，模板DNA 2.0 μ L。ORF 57r采用25µL反應進行測序。用於MCP檢測和分析的引物來自[3]，用於ORF 57r的引物來自[16]。選擇MCP是因為它通常被許多作者用於確定的係統發育關係虹彩在大尺度和小尺度上，盡管事實上它可能不是特別的係統發育信息[10,20,21]。選擇被標記為開放閱讀框(ORF) 57r的位點，是因為其可比較序列的可用性，也因為其先前使用[16]與其他ORF結合，以檢測美國西部atv樣病毒的局部適應性。PCR產物使用聚乙二醇(PEG)沉澱法進行清理(方案來自美國奧本大學桑托斯實驗室)。部分PEG沉澱產物在1.5%瓊脂糖凝膠(用溴化乙錠染色)上運行，以確保目標DNA的存在。測序由COGENICS(現在的Beckman Coulter Genomics UK)完成。

爆炸分析

所有的核苷酸序列都使用BLAST搜索進行分析，以確定發表的是哪一個Ranavirus它們最相似的序列。第二組BLAST搜索用於確定每個部分序列與該屬模式種FV3(登錄號AY58484.1)的相似性Ranavirus．

係統發育分析

部分MCP序列在MEGA6[22]中使用Clustal W[23]進行比對。由於從BUK 3分離物中獲得的序列較短，最初約500個堿基對的序列在對齊後被修剪為283個堿基對。采用來自猶他州ATV分離物(登錄號AY548312.1)的MCP作為外群。對ORF 57r序列進行對齊和裁剪，得到419個堿基對的部分序列。選擇來自猶他州ATV分離物(登錄號為EU512332)的部分ORF 57r基因作為外組。來自英國的修剪後的MCP和ORF57r序列以及來自美國的ATV分離株被首尾相連，並用MAFTT[24]進行比對。在MEGA 6中，運行了核苷酸替代模型優化，並確定Kimura 2參數模型是最適合的。用最佳擬合模型構建最大似然(ML)樹，進行1000次重複的Bootstrap分析。樹木被壓縮，因此支撐力低於50%的樹枝被消除。

建立了MCP和ORR57r部分DNA序列的係統發育樹。序列在MAFTT中對齊，導入MEGA 6，並對每組部分序列進行核苷酸替代模型優化。使用1000個Bootstrap重複構建最大似然樹，支持度低於50%的分支被壓縮。ATV分離株(登錄號見上文)再次被用作外群。

除了DNA序列係統發育分析外，利用預測的部分MCP和ORF 57r序列的蛋白質序列構建樹。使用氨基酸變電所[25]的JTT模型對部分MCP序列蛋白數據進行分析，發現該模型與我們使用MEGA 6的數據最吻合。然後使用蛋白質序列數據的最佳擬合模型(JTT)、1000次重複的自舉分析和支持度低於50%的分支凝聚生成ML樹。部分MCP預測蛋白來自猶他州ATV分離物(登錄號AY548312.1)作為out組。對ORF57r蛋白數據進行分析，確定最適合的氨基酸替代模型為Le Gascuel 2008模型[26]。利用蛋白質序列數據的最佳擬合模型構建ML樹，並進行了1000次重複的Bootstrap分析，但不需要分支凝聚。選擇來自猶他州ATV分離物(登錄號ACB11425)的部分ORF 57r預測蛋白作為外群。

結果

BLAST檢索顯示，在大多數英國分離株和FV3分離株(登錄號AY58484.1;表1和2)。4個分離株與aRanavirus中國大鯢虹膜病毒(CGSIV);27)。與CGSIV同源性發生在一個位點(BUK 2, BUK 3, RUK 13)或兩個位點(RT 119)(表1)。

隔離	物種	位置	基因	%同源性	隔離	加入數量
鼓2	以以	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	100％	CGSI	KF512820.1
鼓3	以以	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	100％	CGSI	KF512820.1
鼓4	以以	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	100％	FV3	KJ175144.1
操作係統14	Alytes obstetricans	布萊頓，東蘇塞克斯	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	98％	FV3	KJ175144.1
RT 5	Ranatemporaria	肯特郡的赫恩灣	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 8	Ranatemporaria	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	98％	FV3	KJ175144.1
RT 80	Ranatemporaria	布萊頓，東蘇塞克斯	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	98％	FV3	KJ175144.1
RT 112	Ranatemporaria	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 115	Ranatemporaria	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 119	Ranatemporaria	德文郡普利茅斯	MCP	99％	CGSI	KF512820.1
			ORF57r	99％	CGSI	KF512820.1
RT 122	Ranatemporaria	伯克郡沃金厄姆,伯克希爾哈撒韋公司	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 123	Ranatemporaria	伯克郡沃金厄姆,伯克希爾哈撒韋公司	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 126	Ranatemporaria	南安普頓漢普郡	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 127	Ranatemporaria	Wallington,薩裏	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 128	Ranatemporaria	Wallington,薩裏	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 130	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 131	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 132	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 133	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 134	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RT 137	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	99％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RUK 11	Ranatemporaria	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	99％	FV3	KJ175144.1
RUK 13	Ranatemporaria	未知的	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	100％	CGSI	KF512820.1
TT 216 *	Ranatemporaria	交易,肯特	MCP	100％	FV3	KJ175144.1
			ORF57r	98％	FV3	KJ175144.1

表1:來自三種不同兩棲動物的英國拉納病毒分離物的隔離縮寫、起源地點和BLAST分析結果。
*從蝌蚪中分離出來
fv3 -青蛙病毒
中國大鯢虹膜病毒

基於串聯DNA序列數據的最佳ML樹包含幾個多分支分支，這些分支與構成分支的分離株的地理起源大致相關(圖1和圖2)。分支似乎不受分離株起源物種的影響，而是受死亡事件和/或起源地理位置的影響。20世紀90年代獲得的曆史分離株形成了一個分支，分離株之間的中間始終顯示fv3樣DNA序列，分離株與CGSIV具有很強的同源性。

圖1:24 UK的最大似然樹Ranavirus使用連接的DNA序列分離部分MCP和ORF57r基因采用木村的2參數核苷酸替代模型和1000 Bootstrap複製。鼓=隔離從b以；RT和RUK=從r . temporaria；操作係統=隔離從Alytes obstetricans；TT=從R. temporaria蝌蚪中分離出來的。

圖2:利用Jukes-Cantor模型核苷酸替代和1000次Bootstrap複製，對來自UK基因周圍不同位置的部分ORF 57r DNA序列進行係統發育分析。鼓=隔離從b以；RT和RUK=從r . temporaria；操作係統=隔離從Alytes obstetricans；從…中分離出來r . temporaria蝌蚪。紅色高亮的分離株來自東南部，橙色/桃紅色高亮的分離株來自蘭開夏郡，綠色高亮的分離株來自德文郡，並與英格蘭地圖上高亮的地區相匹配。未突出顯示的分離物沒有已知的地理起源。(使用SmartDraw 2017創建的地圖)。

基於預測的部分MCP位點蛋白質序列的樹包括三個多分離分支(圖3)，其中一個分支由蘭開夏郡單一死亡事件的分離株組成。包含類似cgsiv序列的分離株(RT 119, BUK 2, BUK 3, RUK 13)形成了另一個分支，盡管是從兩個不同的物種分離出來的，而第三個分支包含了從所有三個宿主物種分離出來的現代和曆史樣本的混合。有趣的是，RT 122和RT 123(都是從伯克郡分離出來的)形成了一個分支。此外，來自薩裏郡的分離株RT 127並不與來自同一地點的另一個分離株RT 128結合，而是與外群ATV形成一個多分支。

圖3:24 UK的極大似然方法樹Ranavirus利用基於JTT基質的蛋白質替代模型的部分MCP序列的預測蛋白序列和1000次Bootstrap重複進行分離。鼓=隔離從b以；RT和RUK=從r . temporaria；操作係統=隔離從Alytes obstetricans；TT=從R. temporaria蝌蚪中分離出來的。

預測ORF57r部分基因的蛋白質生成也會產生三個不同的分支(圖4)。一個分支是一個多分支分支，由來自所有三個宿主物種的14個分離株組成，包括現代和曆史分離株。同樣，來自蘭開夏郡單一死亡事件的分離株形成了一個不同的分支，而第三個分支包括所有包含類似cgsiv DNA序列的分離株。

圖4:24 UK的極大似然方法樹Ranavirus利用基於Le Gascuel 2008蛋白質替代模型的部分ORF 57r序列的預測蛋白序列和1000次Bootstrap重複進行分離。鼓=隔離從b以；RT和RUK=從r . temporaria；操作係統=隔離從Alytes obstetricans；從…中分離出來r . temporaria蝌蚪。

討論

BLAST檢索顯示，大多數分離株的部分序列與一株的高度同源蛙病毒3 (FV3)，取自北豹蛙(Lithobates / Rana侵害)，由莫裏森等人在加拿大安大略省北部捕獲([27];該FV3菌株被Morrison等人稱為SSME，並被發現與之前發表的FV3全基因組序列不同。這些差異發生在幾個位點上，包括一些被認為與毒性[27]有關的位點。然而，由於我們不知道整個基因組序列，我們的討論僅限於對序列相似性的解釋。

英國分離株的一小組部分序列與一個分離株最相似，被命名為中國大鯢Iridovirus ([28];表1). other的係統發育分析Ranaviruses源自中國大鯢(安德裏亞davidianus)表明它們與常見的助產蟾蜍病毒(CMTV)非常接近[15,29]。CMTV是西班牙比利牛斯牛[6]大規模社區級疾病和下降的病原體。

與FV3的相似並不出乎意料，因為FV3是該屬的類型病毒Ranavirus([30];然而，一些分離株與CGSIV分離株的高度相似是出乎意料的，因為此前在中國以外沒有類似分離株的報道(表1)Ranavirus中國大鯢的分離株往往與CMTV相似，應該引起所有英國兩棲動物物種的保護關注。CGSIV似乎具有高毒性，已導致野生和圈養中華大鯢的高死亡率(安德裏亞davidianus)，為中國高度瀕危物種[2,31]。

隔離	物種	位置	基因	％ 同源性
鼓2	以以	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	94
鼓3	以以	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	94
鼓4	以以	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	One hundred.
操作係統14	Alytes obstetricans	布萊頓，東蘇塞克斯	MCP	One hundred.
			ORF57r	98
RT 5	Ranatemporaria	肯特郡的赫恩灣	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 8	跑atemporaria	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	98
RT 80	Ranatemporaria	布萊頓，東蘇塞克斯	MCP	One hundred.
			ORF57r	98
RT 112	Ranatemporaria	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	98
RT 115	Ranatemporaria	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 119	Ranatemporaria	德文郡普利茅斯	MCP	NR
			ORF57r	NR
RT 122	Ranatemporaria	伯克郡沃金厄姆,伯克希爾哈撒韋公司	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 123	Ranatemporaria	伯克郡沃金厄姆,伯克希爾哈撒韋公司	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 126	Ranatemporaria	南安普頓漢普郡	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 127	Ranatemporaria	Wallington,薩裏	MCP	99
			ORF57r	99
RT 128	Ranatemporaria	Wallington,薩裏	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 130	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 131	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 132	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 133	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 134	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RT 137	Ranatemporaria	蘭開夏郡的普雷斯頓,	MCP	99
			ORF57r	99
RUK 11	Ranatemporaria	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	99
RUK 13	Ranatemporaria	未知的	MCP	One hundred.
			ORF57r	94
TT 216 *	Ranatemporaria	交易,肯特	MCP	One hundred.
			ORF57r	98

表2:蛙類病毒3(登錄號AY548484.1)的分離株比較Ranavirus．(NR=無報告，這意味著使用BLAST將其與類型病毒進行比較，沒有返回相似性/識別評分)。

在圖1中發現的係統發育樹有幾個分支，這些分支與分離物的地理起源大致相關(圖2)。這些分支也有很高的自舉支持。樹頂部的第一個分支是由來自三個不同宿主物種的10個分離株組成的分支。分離株rt80和os14來自R.temporaria而且答:obstetricans，分別是從影響英格蘭東南部蘇塞克斯一個池塘的同一死亡事件中采樣的不同物種中獲得的。這種感染答:產科醫生成人可能是病原體溢出的結果，從疾病爆發中看到r . temporaria[11]，因為有一些證據表明Ranavirus(es)在英國已經發展出一些宿主特異性[7]。分離物TT 216，來自於r . temporaria起源於英格蘭東南部肯特郡一個高度管理的兩棲動物群落的蝌蚪[11]。不幸的是，RUK 11, RT 112, RT 115和BUK 4來自未知的地理起源，因此我們隻能斷言，該分支中的分離株一般來自英格蘭東南部。這個分支也由曆史上的(RUK和BUK)和當代的分離株(OS, RT, TT)組成，這是非常有趣的，因為其他曆史上的分離株在樹的更下麵形成了一個不同的分支。

這第二個分支是另一個多分支的分支，這次完全由從r . temporaria．這些分離物來自英格蘭中南部的三個獨立的死亡事件(表1)r . temporaria並不奇怪，因為抽樣偏向於r . temporaria作為目標主機[11,19]。

第三枝是另一個多分支的分支，由獨立的r . temporaria．RT 130-137分離株都來自蘭開夏郡相同的大規模死亡事件(圖2)。由於這些分離株都來自相同的大規模死亡事件，所以將它們歸為一類並不奇怪。有可能這個分支代表了一個獨立的Ranavirus介紹事件。它在地理上是孤立的，在係統發育上是不同的，沒有其他科學證實Ranavirus死亡事件在該地區已被記錄在案(圖2)。由於英格蘭東南部和西北部的蘭開夏郡之間的距離很遠，不太可能Rananvirus分離物由兩棲動物在自然遷移過程中攜帶。

從樹頂開始的第四個分支也是多功能的;然而，這一個完全是由曆史上的隔離物組成的。在本例中，分支由來自兩者的分離體組成r . temporaria(RUK)和b以(鼓)。因為這些分離物來自於出現時間軸的早期Ranaviruses在英國，序列差異有可能還沒有在兩個位點上被確定，盡管這些譜係的遺傳差異被懷疑，因為報告的差異Ranavirus生物學[7]。另一種可能是，這兩個位點與宿主特異性無關。在Price等人的[15]中也看到了同樣的分支模式，他們使用了基因組的不同區域和更長的串聯序列。

分離物RT 119與外群ATV形成了一個意想不到的多分支分支(圖1)。RT 119也與兩個位點上的CGSIV分離物高度同源(表1)。由於RT 119來自英格蘭西部(德文郡)，它有可能來自一個單獨的傳入事件，可能來自亞洲，而不是其他事件Ranavirus在英格蘭西部已經描述了相關的死亡事件。此外，由於英格蘭東南部和西南部之間的地理距離很大，不太可能Ranavirus通過任何受影響物種的自然運動向任何方向傳播。

為兩個位點上預測的蛋白質序列所做的樹表明Ranaviruses至少有三次被引入英國，特別是英格蘭。很可能BUK 2、BUK 3和RUK 13都來自同一個引種事件，因為它們在所有四棵樹中都顯示出與FV3和CGSI相同的同源模式。

Price等人將公民科學數據與來自7個英國分離株的遺傳信息結合起來，提出了至少兩種引入Ranavirus進入英國。他們隻使用了相當小的一部分Ranavirus基因組(約2267 bp或小於2%)。我們更廣泛的采樣擴展了Price等人的[15]結論，表明可能至少有三種類似fv3的引入Ranaviruses獨自進入英格蘭。從圖1-4中的三個主要分支點可以看出這一點。我們的數據也支持Price等人[15]的發現，即人類促進了致病因子在英國的傳播，特別是在英格蘭東南部。分離株的地理聚集表明，池塘與池塘之間的動物移動和動物的人類移動共同促成了該傳染病的不同菌株向相鄰區域[15]的傳播。人類的加強傳播已經注意到其他疾病的出現Ranaviruses(例如ATV)[32]，它極有可能是德文郡和蘭開夏郡分離株的起源(圖2)。

基於兩個部分基因的不同係統發育分析，它們都是連接的，並使用它們預測的蛋白質產物，我們表明Ranaviruses至少有三次被引入英國，特別是英格蘭。中國大鯢分離株同源性高虹彩應該引起極大的保護關注，因為它與常見的產婆蟾蜍病毒非常相似，這種病毒已經摧毀了西班牙比利牛斯山的兩棲動物群落[6]。進一步的研究需要檢查更大部分的病毒基因組，甚至是全基因組，以充分了解病毒的進化史Ranaviruses在英國，以及已知存在的宿主品係關聯[7]。

致謝

我們要感謝Andrew Cunningham提供的BUK和RUK分離株，以及Thomas Waltzek對係統發育重建方法的寶貴建議。我們也要感謝James Jancovich, John C. George和幾位匿名審稿人，感謝他們對這個手稿早期版本的有益評論。這項工作得到了倫敦瑪麗女王大學授予ALJD的博士學生獎學金、海外研究學生獎學金以及加拿大國家科學和工程研究委員會提供的獎學金的支持。此外，協會研究信托獎、兩棲動物保護研究信托學生研究補助金、英國野生動物健康協會補助金(授予ALJD)和RCUK獎學金(授予TWJG)也提供了額外的支持。

參考文獻

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Aritcle類型:研究文章

引用:Duffus ALJ, Garner TWJ, Davis AR, Dean AW, Nichols RA(2017)利用2個部分位點對24株英國兩棲動物拉納病毒分離株進行係統發育分析。J新興病毒3(2):doi http://dx.doi.org/10.16966/2473-1846.131

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出版的曆史:

收到日期:2017年4月25日

接受日期:2017年6月21日

發表日期:2017年6月28日