helder-nakaya
Helder Nakaya博士
助理教授

臨床和毒理學分析部“，
藥學院
巴西聖保羅大學
電話:+55 11 2648-0240
電子郵件:hnakaya@usp.br

教育

2007 博士，生物化學和分子生物學，化學研究所，São保羅大學研究顧問:Sergio Verjovski-Almeida博士
論文題目:長鏈非編碼rna的分子表征
2002 生物學學士，生物科學研究所，São保羅大學

傳記

Helder Nakaya是巴西São聖保羅大學的助理教授。他的實驗室專注於利用計算係統生物學研究傳染病的基礎。他也是美國埃默裏大學醫學院的兼職教授。擁有分子生物學博士學位和廣泛的生物信息學培訓，他成為了係統疫苗學的專家，這是一個跨學科領域，結合了疫苗和傳染病背景下的全係統測量、網絡和預測建模。Nakaya博士開發了係統生物學方法來理解和預測黃熱病、季節性流感、腦膜炎球菌、帶狀皰疹、瘧疾和土拉熱疫苗的疫苗誘導免疫機製。


研究的興趣

  1. 係統生物學
  2. 計算工具
  3. 轉錄調控機製

科學活動

2016 VSV-EBOVAC埃博拉疫苗科學谘詢委員會成員
2015 Daniel H. Wagner運籌學實踐卓越獎得主
入選為13名青年研究人員之一，加入以大學為基礎的高級研究所洲際研究院
研究(UBIAS)網絡
國際疫苗學會(ISV)年度論文

出版物

期刊編輯
  1. Li S, Sullivan NL, Rouphael N, Yu T, Banton S, Maddur MS, McCausland M, Chiu C, Canniff J, Dubey S, Liu K, Tran V, Hagan T, Duraisingham S, Wieland A, Mehta A, Whitaker J, Subramaniam S, Jones DP, Sette A, Vora K, Weinberg A, Mulligan MJ, Nakaya HI, Levin M, Ahmed R, Pulendran B.人類對疫苗接種反應的代謝表型中國生物醫學工程學報，2017年5月18日;
  2. Prada-Medina CA, Fukutani KF, Kumar NP, gi - santana L, Babu S, Lichtenstein F, West K, Sivakumar S, Menon PA, Viswanathan V, Andrade BB, Nakaya HI, Kornfeld H.糖尿病-結核病合並症的係統免疫揭示疾病並發症的特征。科學通報，2017年5月17日;7(1):1999
  3. Costa VV, Del Sarto JL, Rocha RF, Silva FR, Doria JG, Olmo IG, Marques RE,Queiroz-Junior CM, Foureaux G, Araújo JMS, Cramer A, Real ALCV, Ribeiro LS, Sardi SI, Ferreira AJ, Machado FS, de Oliveira AC, Teixeira AL, Nakaya HI, Souza DG, Ribeiro FM, Teixeira MM。n -甲基-d-天冬氨酸(NMDA)受體阻斷防止寨卡病毒感染引起的神經元死亡。MBio。2017年4月25日;8(2)。pii: e00350-17。
  4. Kazmin D, Nakaya HI, Lee EK, Johnson MJ, van der Most R, van den Berg RA, Ballou WR, Jongert E, Wille-Reece U, Ockenhouse C, Aderem A, Zak DE, Sadoff J, Hendriks J, Wrammert J, Ahmed R, Pulendran B.人接種RTS,S瘧疾疫苗保護性免疫應答的係統分析。《美國國家科學院學報》上。2017年2月28日;114(9):2425-2430。
  5. Geraldo MV, Nakaya HI, Kimura ET. 14q32編碼的miRNAs下調和miR-654-3p在甲狀腺乳頭狀癌中的抑癌作用。2017年2月7日;8(6):9597-9607。
  6. Ferreira LR, Ferreira FM, Nakaya HI, Deng X, Cândido DD, de Oliveira LC, Billaud JN, Lanteri MC, Rigaud VO, Seielstad M, Kalil J, Fernandes F, Ribeiro AL, Sabino EC, Cunha-Neto E.伴有或不伴有心室功能障礙的Chagas心肌病的血液基因特征。中華傳染病雜誌2017年2月1日;215(3):387-395。
  7. Muñoz M, Craske M, Severino P, de Lima TM, Labhart P, Chammas R, Velasco IT, Machado MC, Egan B, Nakaya HI, Pinheiro da Silva F.抗菌肽LL-37參與黑色素瘤細胞的轉錄調控。癌症雜誌，2016年11月26日;7(15):2341-2345。
  8. Kasturi SP, Kozlowski PA, Nakaya HI, Burger MC, Russo P, Pham M, Kovalenkov Y, Silveira EL, Havenar-Daughton C, Burton SL, Kilgore KM, Johnson MJ, Nabi R, Legere T, Sher ZJ, Chen X, Amara RR, Hunter E, Bosinger SE, Spearman P, Crotty S, Villinger F, Derdeyn CA, Wrammert J, Pulendran B.用納米顆粒包裹的toll樣受體配體佐劑猴免疫缺陷病毒疫苗誘導TRIM5α限製獼猴持續抗體反應和增強保護。中國病毒學雜誌，2017年1月31日;91(4)。pii: e01844-16。
  9. Lever M, Silveira EL, Nakaya HI。應用於DNA疫苗的係統疫苗學:展望與挑戰。《Mol生物學》2017;22:1-16。
  10. Ellebedy AH, Jackson KJ, Kissick HT, Nakaya HI, Davis CW, Roskin KM, McElroy AK, Oshansky CM, Elbein R, Thomas S, Lyon GM, Spiropoulou CF, Mehta AK, Thomas PG, Boyd SD, Ahmed R.病毒感染或接種疫苗後在人血液中定義抗原特異性漿細胞和記憶B細胞亞群。《自然免疫學》2016 10月;17(10):1226-34。
  11. Im SJ, Hashimoto M, Gerner MY, Lee J, Kissick HT, Burger MC, Shan Q, Hale JS, Lee J, Nasti TH, Sharpe AH, Freeman GJ, Germain RN, Nakaya HI, Xue HH, Ahmed R.定義PD-1治療後提供增殖爆發的CD8+ T細胞自然雜誌，2016年9月15日;537(7620):417-421。
  12. Schroder WA, Anraku I, Le TT, Hirata TD, Nakaya HI, Major L, Ellis JJ, Suhrbier a . SerpinB2缺陷導致角質層缺陷和對局部應用炎症劑的敏感性增加。美國病理學雜誌。2016年6月;186(6):1511-23。
  13. Ravindran R, Loebbermann J, Nakaya HI, Khan N, Ma H, Gama L, Machiah DK, Lawson B, Hakimpour P, Wang YC, Li S, Sharma P, Kaufman RJ, Martinez J, Pulendran B.氨基酸傳感器GCN2通過抑製炎症小體激活來控製腸道炎症。自然。2016年3月24日;531(7595):523-7。
  14. Schons-Fonseca L, da Silva JB, Milanez JS, Domingos RH, Smith JL, Nakaya HI, Grossman AD, Ho PL, da Costa RM。鉤端螺旋體基因毒性脅迫下LexA結合位點和轉錄組學分析。核酸研究，2016 Feb 18;44(3):1179-91。
  15. Nakaya HI, Clutterbuck E, Kazmin D, Wang L, Cortese M, Bosinger SE, Patel NB, Zak DE, Aderem A, Dong T, Del Giudice G, Rappuoli R, Cerundolo V, Pollard AJ, Pulendran B, Siegrist CA.兒童早期對mf59佐劑和非佐劑三價季節性流感疫苗免疫的係統生物學研究。《美國國家科學院學報》上。2016 Feb 16;113(7):1853-8。
  16. Nakaya HI, Hagan T, Duraisingham SS, Lee EK, Kwissa M, Rouphael N, FrascaD, Gersten M, Mehta AK, Gaujoux R, Li GM, Gupta S, Ahmed R, Mulligan MJ, Shen-Orr S, Blomberg BB, Subramaniam S, Pulendran B.在不同人群中對流感疫苗免疫的係統分析揭示了共享的分子特征。免疫。2015年12月15日;43(6):1186-98。
  17. Okada SS, de Oliveira EM, de Araújo TH, Rodrigues MR, Albuquerque RC, Mortara RA, Taniwaki NN, Nakaya HI, Campa A, Moreno AC.人外周血淋巴細胞中的髓過氧化物酶:產生和亞細胞定位。細胞免疫。2016年2月;300:18-25。
  18. Almeida GT, Lage RC, Anderson L, Venancio TM, Nakaya HI, Miyasato PA, Rofatto HK, Zerlotini A, Nakano E, Oliveira G, Verjovski-Almeida S.奧美拉唑和吡唑酮體外協同防治曼氏血吸蟲成蟲的研究。PLoSNegl熱帶雜誌2015年9月24日;9(9):e0004086。
  19. Uren PJ, Vo DT, de Araujo PR, Pötschke R, Burns SC, Bahrami-Samani E, Qiao M, de Sousa Abreu R, Nakaya HI, Correa BR, Kühnöl C, Ule J, Martindale JL, Abdelmohsen K, gorspe M, Smith AD, Penalva LO。rna結合蛋白Musashi1是膠質母細胞瘤粘附途徑的中心調節因子。Mol細胞生物學，2015 9月1日;35(17):2965-78。
  20. 納瓦羅IC，費雷拉FM，中亞HI，巴倫MA，維拉-佩雷拉G，佩雷拉IR，席爾瓦AM，雷亞爾JM，德布裏托T, Chevillard C，拉納-維埃拉J, Kalil J，庫尼亞-內托E，費雷拉LR。克魯茲錐蟲感染小鼠心髒的MicroRNA轉錄組分析:寄生蟲學和心髒病學結果。科學通報。2015年6月18日;9(6):e0003828。
  21. Nakaya HI, Pulendran B.高通量生物學時代的疫苗學。Philos Trans R SocLond B生物科學2015年6月19日;370(1671)。pii: 20140146。
  22. Nakaya HI, Bruna-Romero O.腸道微生物組是調節疫苗效力的關鍵嗎?專家Rev疫苗。2015 Jun;14(6):777-9。
  23. Hagan T, Nakaya HI, Subramaniam S, Pulendran B.係統疫苗學:用係統生物學方法實現合理的疫苗設計。2015年9月29日;33(40):5294-301。
  24. Akondy RS, Johnson PL, Nakaya HI, Edupuganti S, Mulligan MJ, Lawson B, Miller JD, Pulendran B, Antia R, Ahmed R.初始病毒載量決定了人CD8 T細胞對黃熱病疫苗接種的應答程度。《美國國家科學院學報》上。2015年3月10日;112(10):3050-5。
  25. Poo YS, Rudd PA, Gardner J, Wilson JA, Larcher T, Colle MA, Le TT, Nakaya HI, Warrilow D, Allcock R, Bielefeldt-Ohmann H, Schroder WA, Khromykh AA, Lopez JA, Suhrbier A.多種免疫因子參與控製急性和慢性基孔肯雅病毒感染。PLoSNegl熱帶雜誌2014年12月4日;8(12):e3354。
  26. Oh JZ, Ravindran R, Chassaing B, Carvalho FA, Maddur MS, Bower M, Hakimpour P, Gill KP, Nakaya HI, Yarovinsky F, Sartor RB, Gewirtz AT, Pulendran B. tlr5介導的腸道菌群檢測是季節性流感疫苗抗體應答的必要條件。2014年9月18日;41(3):478-92。
  27. Kwissa M, Nakaya HI, Onlamoon N, Wrammert J, Villinger F, Perng GC, Yoksan S, Pattanapanyasat K, Chokephaibulkit K, Ahmed R, Pulendran B.登革病毒感染誘導CD14(+)CD16(+)單核細胞增殖，刺激漿母細胞分化。細胞宿主微生物。2014 7月9日;16(1):115-27。
  28. Poo YS, Nakaya H, Gardner J, Larcher T, Schroder WA, Le TT, Major LD, Suhrbier A. CCR2缺乏促進慢性糜蝕性中性粒細胞主導基孔肯雅病毒關節炎的加重。中國病毒學雜誌，2014 6;88(12):6862-72。
  29. Medina-Acosta E, Nakaya HT, Pontillo A, de Souza Campos Fernandes RC。免疫反應和傳染病易感性的遺傳控製。生物醫學學報，2014;
  30. Tamim S, Vo DT, Uren PJ, Qiao M, Bindewald E, Kasprzak WK, Shapiro BA, Nakaya HI, Burns SC, Araujo PR, Nakano I, Radek AJ, Kuersten S, Smith AD, Penalva LO。基因組分析揭示了miR-137對膠質母細胞瘤細胞惡性轉化和神經元分化相關基因的廣泛影響。科學通報。2014年1月22日;9(1):e85591。
  31. Li S, Rouphael N, Duraisingham S, Romero-Steiner S, Presnell S, Davis C, Schmidt DS, Johnson SE, Milton A, Rajam G, Kasturi S, Carlone GM, Quinn C, Chaussabel D, Palucka AK, Mulligan MJ, Ahmed R, Stephens DS, Nakaya HI, Pulendran B.抗體反應的分子特征來自對五種人類疫苗的係統生物學研究。《自然免疫學》2014 Feb;15(2):195-204。
  32. Ravindran R, Khan N, Nakaya HI, Li S, Loebbermann J, Maddur MS, Park Y, Jones DP, Chappert P, Davoust J, Weiss DS, Virgin HW, Ron D, Pulendran B.樹突細胞中營養傳感器GCN2的疫苗激活增強了抗原提呈。《科學》2014年1月17日;343(6168):313-7。
  33. 譚y, Tamayo P, Nakaya H, Pulendran B, Mesirov JP，海寧WN。與b細胞增殖相關的基因標記預測流感疫苗誘導的抗體反應。中華免疫雜誌2014年1月;44(1):285-95。
  34. Beckedorff FC, Ayupe AC, crocici - souza R, Amaral MS, Nakaya HI, Soltys DT, Menck CF, Reis EM, Verjovski-Almeida S.內含子長非編碼RNA ANRASSF1將PRC2招募到RASSF1A啟動子上，降低RASSF1A的表達，增加細胞增殖。PLoSGenet。2013; 9 (8): e1003705。
  35. Pulendran B, Oh JZ, Nakaya HI, Ravindran R, Kazmin DA。對病毒的免疫:學習成功的人類疫苗。中國生物醫學雜誌，2013年9月;
  36. 李山，中穀HI，達卡茲敏，吳佳珍，Pulendran B.人體免疫係統生物學方法的研究。中國免疫雜誌，2013 10月31日;25(3):209-18。
  37. Varani AM, Monteiro-Vitorello CB, Nakaya HI, Van Sluys MA。前噬菌體在植物致病菌中的作用。植物學報。2013;51:29 -51。
  38. Norris BA, Uebelhoer LS, Nakaya HI, Price AA, Grakoui A, Pulendran B.慢性而非急性病毒感染誘導骨髓抑製細胞數量持續增加，抑製病毒特異性T細胞免疫。2013年2月21日;38(2):309-21。
  39. Nakaya HI, Gardner J, Poo YS, Major L, Pulendran B, Suhrbier a .基孔肯雅病毒關節炎在小鼠模型中的基因分析顯示與類風濕關節炎有顯著重疊。風濕性關節炎。2012年11月;64(11):3553-63。
  40. Jones CL, Sampson TR, Nakaya HI, Pulendran B, Weiss DS。Francisellanovicida抑製細菌脂蛋白的產生有助於逃避先天免疫識別。細胞微生物學。2012 10月;14(10):1531-43。
  41. Kwissa M, Nakaya HI, Oluoch H, Pulendran B.不同的TLR佐劑不同地刺激非人類靈長類動物的全身和局部先天免疫反應。《血》2012年3月1日;119(9):2044-55。
  42. 係統疫苗學:HIV疫苗開發的前景與挑戰。抑製艾滋病病毒。2012年1月,7(1):24-31。
  43. 中穀喜，李鬆，普倫德蘭。係統疫苗學:學習計算疫苗誘導免疫行為。Wiley interdisdisrev SystBiol Med. 2012 mar - april;4(2):193-205。
  44. Nakaya HI, Wrammert J, Lee EK, Racioppi L, Marie-Kunze S, Haining WN, Means AR, Kasturi SP, Khan N, Li GM, McCausland M, Kanchan V, Kokko KE, Li S, Elbein R, Mehta AK, Aderem A, Subbarao K, Ahmed R, Pulendran B.人類季節性流感疫苗接種的係統生物學。《自然免疫學》2011年7月10日;12(8):786-95。
  45. Duraiswamy J, Ibegbu CC, Masopust D, Miller JD, Araki K, Doho GH, Tata P, Gupta S, Zilliox MJ, Nakaya HI, Pulendran B, Haining WN, Freeman GJ, Ahmed R.健康成人程序性死亡-1(HI) CD8 T細胞的表型、功能和基因表達譜。中華免疫雜誌2011 4月1日;186(7):4200-12。
  46. Kasturi SP, Skountzou I, Albrecht RA, Koutsonanos D, Hua T, Nakaya HI, Ravindran R, Stewart S, Alam M, Kwissa M, Villinger F, Murthy N, Steel J, Jacob J, Hogan RJ, García-Sastre A, Compans R, Pulendran B.先天免疫抗體反應的大小和持久性。自然。2011年2月24日;470(7335):543-7。
  47. 普倫德蘭B，李S，中穀HI。係統疫苗學。免疫。2010 10月29日;33(4):516-29。
  48. Manicassamy S, Reizis B, Ravindran R, Nakaya H, Salazar-Gonzalez RM, Wang YC, Pulendran B.樹突狀細胞β -連環蛋白激活調節腸道免疫與耐受。科學學報，2010年8月13日;329(5993):849-53。
  49. Tang H, Cao W, Kasturi SP, Ravindran R, Nakaya HI, Kundu K, Murthy N, Kepler TB, Malissen B, Pulendran B. T輔助性2型對半胱氨酸蛋白酶的反應需要樹突狀細胞-嗜堿性粒細胞通過ros介導的信號通路合作。《自然免疫學》2010年7月;11(7):608-17。
  50. de Mello Varani A, Souza RC, Nakaya HI, de Lima WC, Paula de Almeida LG, Kitajima EW, Chen J, Civerolo E, Vasconcelos AT, Van Sluys MA。木菌前噬菌體樣區域的起源及其在基因組分化中的影響。公共科學圖書館，2008;3(12):e4059。
  51. Querec TD, Akondy RS, Lee EK, Cao W, Nakaya HI, Teuwen D, Pirani A, Gernert K, Deng J, Marzolf B, Kennedy K, Wu H, Bennouna S, Oluoch H, Miller J, Vencio RZ, Mulligan M, Aderem A, Ahmed R, Pulendran B.係統生物學方法預測黃熱病疫苗的人免疫原性《自然免疫學》2009年1月10日(1):116-25。
  52. Louro R, El-Jundi T, Nakaya HI, Reis EM, verjovsky - almeida S.從人和小鼠基因座轉錄的內含子非編碼rna的保守組織表達特征。基因組學。2008七月;92(1):18-25。
  53. Nakaya HI, Beckedorff FC, Baldini ML, Fachel AA, Reis EM, Verjovski-Almeida S. TLE家族基因剪接變異與前列腺腫瘤中TLE3亞型上調生物化學與生物物理學報。2007 12月28日;364(4):918-23。
  54. Zaini PA, Fogaça AC, Lupo FG, Nakaya HI, Vêncio RZ, da Silva AM。木菌的鐵刺激因子包括IV型菌毛基因和大腸杆菌素v樣細菌素。細菌學雜誌，2008年4月;190(7):2368-78。
  55. Nakaya HI, Amaral PP, Louro R, Lopes A, Fachel AA, Moreira YB, El-Jundi TA, da Silva AM, Reis EM, Verjovski-Almeida S.人類內含子非編碼rna的基因組定位和表達分析揭示了與轉錄調控相關的基因的組織特異性模式和富集。中國生物工程學報。2007;8(3):R43。
  56. Louro R, Nakaya HI, Amaral PP, Festa F, Sogayar MC, da Silva AM, Verjovski-Almeida S, Reis EM.雄激素響應子非編碼rna。BMC生物學2007年1月30日;5:4。
  57. Reis EM, Louro R, Nakaya HI, Verjovski-Almeida S.當反義RNA獲得sintronic。組學。2005年春季,9(1):12。
  58. Reis EM, Nakaya HI, Louro R, Canavez FC, Flatschart AV, Almeida GT, Egidio CM, Paquola AC, Machado AA, Festa F, Yamamoto D, Alvarenga R, da Silva CC, Brito GC, Simon SD, Moreira-Filho CA, Leite KR, Camara-Lopes LH, Campos FS, Gimba E, Vignal GM, El-Dorry H, Sogayar MC, Barcinski MA, da Silva AM, Verjovski-Almeida s反感子非編碼RNA水平與前列腺癌腫瘤分化程度相關。2008.26;23(39):6684-92。
  59. Louro R, Nakaya HI, Paquola AC, Martins EA, da Silva AM, Verjovski-Almeida S, Reis EM.一個新的小單體GTPase基因家族成員RASL11A在前列腺腫瘤中表達下調。生物化學與生物物理學報，2004年4月9日;36(3):618-27。
書的章節
  1. Nakaya HI, Reis EM, Verjovski-Almeida S(2007)基因組和轉錄組分析的微陣列設計概念。《核酸雜交:現代應用》一書章節，編輯:Anton A. Buzdin e Sergey A. Lukyanov，出版:施普林格。
  2. Duraisingham SS, Rouphael N, Cavanagh MM, Nakaya HI, Goronzy JJ, Pulendran B.(2013)老年人接種疫苗的係統生物學。《微生物免疫學雜誌》363:117-42。
  3. Nakaya HI(2013)應用係統生物學了解感染和疫苗接種的免疫反應。書的章節“計算係統生物學，第二版”，編輯:Elis &Kriete，出版商:愛思唯爾

係統生物學研究傳單