係統生物學研究

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研究文章
銀屑病中基於表達的調控的計算分析:一種了解疾病病理和預測潛在調控的係統生物學方法

Harishchander Anandaram＊

印度泰米爾納德邦金奈沙雅巴瑪大學生物信息係

*通訊作者:Harishchander Anandaram，印度泰米爾納德邦金奈沙雅巴瑪大學生物信息係，電子郵件:harishchander.a@gmail.com


摘要

在後基因組學時代，用係統生物學的方法對銀屑病的基於表達的調控進行計算分析，以了解疾病的病理並預測潛在的調控因子是一項具有挑戰性的任務。我們的挑戰是采用自下而上的方法[從RNA Seq數據中分析銀屑病相關基因的表達，並對調控因子(microRNAs和轉錄因子)進行文本挖掘]，通過係統生物學的方法構建和分析網絡，以了解疾病病理並預測潛在的調控因子，以促進未來銀屑病生物標誌物的發現。


簡介

銀屑病被認為是一種自身免疫性疾病，因為遺傳和環境因素在病因中都起著重要作用。“銀屑病”這個名字來源於希臘單詞“psora”，意思是“癢”。銀屑病是一種非傳染性的幹性炎症性疾病，皮膚醜陋;它涉及到人[1]的整個係統。在大多數情況下，它是遺傳性的，特征是邊緣鱗片和紅斑斑塊，形成相對對稱的分布。受影響最嚴重的部位是頭皮、手掌、腳底、臍、臀、乳房下和生殖器、肘部、膝蓋、指尖和腳趾。在本質上，這種疾病是慢性的，有複發的趨勢。在這種疾病中，皮膚不斷剝落，形成鱗片，被稱為“銀屑病斑塊”，由於過度增殖的表皮細胞，產生魚樣皮膚。銀屑病對男性和女性都有影響。它可以發生在任何年齡，盡管第一次出現通常是在15-25歲之間。 In western population, the prevalence of psoriasis was estimated to be around 2-3%. The prevalence of psoriasis in the United Kingdom was found to be 1.5% [3]. In Americans, the prevalence of psoriasis was found to be 2.1% among adults. The results from case studies found that around 25% of people with psoriasis could be classified from moderate to severe psoriasis [4]. Around one-third of people with psoriasis were reported with a family history and researchers have identified the association of genetic loci with the diseased condition [5]. Studies on monozygotic twins suggest 70% chance for a twin to develop psoriasis, if the other is affected. The rate of concordance was around 20% for dizygotic twins. The finding suggests that both predisposition in genetics and response in environment were involved in the development of psoriasis. Early onset before 4 years indicates a greater susceptibility in genetics of psoriasis [6].

銀屑病是免疫係統通過人體某些錯誤信號介導的疾病。人們仍然相信，銀屑病可以在特定的條件下發展，即“當免疫係統向身體發出信號，要求加速皮膚細胞的生長”。正常情況下，皮膚細胞每28-30天從皮膚表麵成熟一次。在牛皮癬的情況下，皮膚細胞在3-6天內成熟。皮膚中的細胞非但沒有脫落，反而堆積起來，造成了可見的病變。研究還發現，導致銀屑病的基因可以決定一個人免疫係統的反應。這些基因可以導致牛皮癬或其他免疫介導的疾病，如i型糖尿病或類風濕性關節炎。牛皮癬的病理生理學涉及到對皮膚主要成分即表皮和真皮層的突出病理發生的理解。關於這種疾病的發展過程有兩種公認的假說。第一種假說認為銀屑病是一種皮膚細胞過度生長和繁殖的疾病。 Here, the problem is viewed as a fault of the epidermis and its keratinocytes [8]. In second hypothesis, the disease is viewed as an immune-mediated disorder. Here, the excessive reproduction of skin cells is secondary to the factors produced by the immune system [9,10]. In Current research, the inflammatory mechanisms are immune based and maintained by T cells in dermis. Antigen-presenting cells in skin like Langerhans cells were believed to migrate from skin to the regional lymph nodes to interact with T cells. Presentation of an unidentified antigen to the T cells along with various costimulatory signals triggers an immune response to lead to the activation of T cells and release of cytokines. Co-stimulatory signals were initiated by the interaction of adhesion molecules on the antigen-presenting cells like lymphocyte functionassociated antigen (LFA)-3 and the intercellular adhesion of molecules with their respective receptors (CD2 and LFA-1) on T cells. These T cells are released into the circulation.

銀屑病患者真皮和表皮T細胞在腫瘤壞死因子(TNF)等細胞因子局部作用下的再激活，導致細胞介導的免疫應答、炎症和表皮增生。免疫抑製藥物可以清除銀屑病斑塊，這一觀察結果支持銀屑病的免疫模型。然而，免疫係統的完整作用還需要進一步了解。最近有報道稱，沒有T細胞的小鼠可以觸發銀屑病動物模型。對研究人員來說，這一概念是一個悖論，因為t細胞數量的減少會導致銀屑病，但cd4 - t細胞的數量會隨著銀屑病病毒[11]的進展而減少。作為一種添加劑，HIV的特征是Th2細胞因子的強烈表達，而尋常型銀屑病的特征是Th1細胞因子的強烈分泌。也有人假設CD4- t細胞的減少會導致cd8 - t細胞的過度激活，從而加劇HIV陽性[10]患者的銀屑病病因。

材料和方法
地理

基因表達綜合(GEO)是一個開放獲取的公共知識庫，用於研究界提交的下一代測序、RNA Seq、微陣列和其他形式的高通量功能基因組數據。它提供了一個健壯的數據庫來存儲基因組學中高通量的功能數據，並具有簡單的提交程序和格式。

數組表達

Array Express是功能基因組學的檔案;功能基因組學高通量實驗的數據被存儲起來，以便在研究界重用。

目標掃描

Target Scan是一種web服務器，通過搜索與每個miRNA的種子區域相匹配的目標位點來預測miRNA的生物靶標。每個miRNA的靶預測都定期更新[12]。

miRTar基地

miRTar Base是一個基於miRNA靶標相互作用的策劃數據庫。目前，miRTar堿基已經積累了超過5萬個miRNA與靶標(MTIs)的相互作用;在對文本進行數據挖掘處理後，通過調查文獻手動收集相互作用，以係統的方法[13]將研究文章篩選到miRNAs的功能研究。總的來說，MTIs也通過報告試驗、western blot、微陣列和下一代測序實驗進行了實驗驗證。miRTar數據庫與以前開發的數據庫相比，提供了最新的數據庫。

注冊網絡

Reg網絡是一個數據庫，包含五種類型(轉錄因子-轉錄因子，轉錄因子-基因，轉錄因子- microrna, micrornatranscrfactor)的人類和小鼠[14]的轉錄和轉錄後調節關係。RegNetwork整合了來自不同數據庫的調控基因，並根據轉錄因子結合位點(TFBSs)推斷潛在調控基因。轉錄因子(TF)和microRNA (miRNA)在基因調控中的作用。近年來，在數據庫和文獻中有了更多的調控關係，整合TF與靶基因之間的轉錄調控以及miRNA與靶基因之間的轉錄後調控的先驗知識，對研究基因調控係統具有一定的價值。轉錄因子結合位點(TFBS)的知識守恒也可以實現調控因子與其靶標之間的潛在調控耦合。

Cytoscape

Cytoscape軟件用於生物信息學中的網絡構建、可視化和分析，它是一個開源平台，可以可視化分子網絡中的相互作用，並將其與基因表達[15]的圖譜集成。胞景的附加功能可作為網絡和分子分析的插件。可以使用Cytoscape開發插件。

方法(自底向上方法)
  • 從GEO/Array Express (RNAseq)獲取銀屑病相關基因列表。
  • 根據病變和非病變表達之間的統計偏差，分析上調和下調基因列表。
  • 從miRTarbase和TargetScan上獲取與銀屑病不同表達基因相關的miRNA列表。
  • 從RegNetworks獲取與銀屑病相關基因相關的轉錄因子列表。
  • 在Cytoscape中構建並分析網絡。
結果與討論
表達分析(RNA Seq)

從RNA序列數據中進行基因鑒定時，銀屑病相關基因從GEO/Array Express中檢索。GEO/Array Express中銀屑病相關基因搜索結果為2個標識符(E-GEOD-4175, E-GEOD-54456)， 200個基因差異表達(表1)。

e -大地測量學- 4175 e -大地測量學- 54456
基因
(RNA seq)		 褶皺變化
(病灶vs非病灶)		 基因
(RNA seq)		 褶皺變化
(病灶vs非病灶)
SERPINB4 6.3 IL36A 10.9
SERPINB3 5.2 DEFB4A 10.2
S100A12 5.1 IL19 9.8
SPRR2C 4.8 SPRR2C 9.8
TCN1 4．7 HSPD1P3 9.4
PI3 4．7 PI3 9
S100A9 4.4 CLEC3A 8.5
ch507 - 513 h4.4 4.4 SPRR2F 8.4
KRT6C 4.2 VNN3 8.3
KRT6A 4．1 S100A12 8.1
KRT16 4．1 CXCL8 8
TMPRSS11D 4．1 TCN1 7.8
LTF 3.8 HSPD1P2 7.7
GJB2 3．7 TMPRSS11D 7.6
PLA2G4D 3.6 IL17A 7.6
TNIP3 3.6 SPRR2B 7．5
VNN3 3.4 DEFB4B 7.4
S100A8 3.4 SERPINB4 7.2
ACP7 3．3 LCE3A 7.1
OASL 3．3 TNIP3 7.1
HEPHL1 3．3 TMPRSS11A 7.1
SLC6A14 3．1 SPRR3 7
AKR1B10 3．1 KRT6C 6.9
RHCG 3．1 SPRR2A 6.9
SPRR1A 3. KRT24 6.9
TYMP 3. S100A7 6.8
SPRR2A 3. S100A9 6.8
ARSF 2.9 S100A7A 6.8
ADAMDEC1 2.9 S100A8 6.7
NOS2 2.9 SERPINB3 6.6
CNFN 2.7 IL17F 6.5
rp4 - 529 n6.2 2.7 LCE3B 6.5
KCNK10 2.7 處於受控 6.4
LINC01206 2.7 AKR1B10 6.2
S100A7A 2.7 HEPHL1 6.2
KLK13 2.6 LCE3C 6
TGM1 2.6 CXCL13 5.9
SLC26A9 2.6 SPRR2D 5.9
HSPD1P3 2.6 C12orf74 5.9
FABP5 2.5 ctc - 490 g23.2 5.8
IFI27 2.5 CLDN17 5.7
SPRR1B 2.5 GDA 5.7
IL36A 2.5 LTF 5.7
GJB6 2.4 IL22 5.7
哈爾 2.4 IL20 5.6
UPP1 2.4 IL36G 5.6
ZC3H12A 2.4 AL591704.7 5.6
ADGRF1 2.4 CASP5 5.5
FUT3 2.4 C10orf99 5.4
SERPINB13 2．3 NOS2 5.4
WIF1 -2.6 AGR3 -6.8
rp11 - 1008 c21.1 -2.4 AC092635.1 -5.1
UGT3A2 -2.4 SOHLH1 -4.8
AWAT2 -2.3 CYP1A2 -4.7
rp11 - 517 m22.1 -2.3 CYP2W1 -4.6
CDH12 -2.2 CDK8P2 -4.6
DDX25 -2.1 UGT3A2 -4.5
KRT28 -2.1 一國- 97 j1.2 -4.3
加 -2.1 BTC -4.2
GPR12 －2 監護係統 -4.2
ROS1 －2 rp11 - 438 f14.3 -4.2
AXDND1 －2 rp11 - 98 l5.5 -4.1
SLC14A1 -1.9 kb - 1410 c5.3 -4.1
MYEOV -1.9 AC016730.1 -4.1
TPPP -1.8 rp13 - 392 i16.1 -4.1
MUC16 -1.8 AC008268.1 -4.1
WDR72 -1.8 CHRM4 4
HMGCS2 -1.8 rp11 - 407 h12.8 4
TNNI2 -1.8 ASNSP1 4
CNTNAP3B -1.7 SYT9 -3.9
ANKRD18A -1.7 SLC26A3 -3.9
ANKRD33B -1.7 rp11 - 350 f16.2 -3.9
ERBB4 -1.7 SPINK1 -3.8
KRT77 -1.7 CILP2 -3.8
ZDHHC11B -1.7 LINC02169 -3.8
IGFL2 -1.6 PRB1 -3.8
TMEM132B -1.6 rp11 - 508 m8.1 -3.8
CNTNAP3 -1.6 RP11-3N13.2 -3.8
CNKSR2 -1.6 SPINT3 -3.8
RAB3B -1.6 EEF1GP2 -3.7
RP11-53O19.1 -1.6 AADACL3 -3.7
FREM2 -1.6 KRT77 -3.6
ACADL -1.6 HSD3B1 -3.6
CYP4A11 -1.6 rp11 - 350 f16.1 -3.6
BTBD16 -1.6 AC138647.1 -3.6
SLC26A5 -1.6 HSD3BP2 -3.5
WFDC3 -1.6 AP003025.2 -3.5
ACTC1 -1.6 GJB4 -3.4
LHCGR -1.6 AP000439.3 -3.4
FADS2 -1.6 LINC01300 -3.4
CLEC2A -1.5 FADS2 -3.4
ATP6V0A4 -1.5 ELOVL3 -3.4
GRIN2A -1.5 HAO2 -3.4
SYT17 -1.5 THRSP -3.4
RORC -1.5 LINC01497 -3.4
kb - 1460 a1.5 -1.5 rp11 - 257 i8.2 -3.4
CA1 -1.5 AC000111.6 -3.4
CHRM3 -1.5 NAT16 -3.4
FPGT-TNNI3K -1.5 SPATA31D1 -3.4
ADAM1B -1.5 LINC01164 -3.4

表1:銀屑病相關基因表達分析

為了進行自下而上的方法，對表達的基因進行調控分析，發現200個基因中隻有118個基因含有調控位點。

自底向上的方法

在銀屑病相關基因的自底向上調控分析中;這些基因與相關的miRNAs和轉錄因子配對(表2)

基因
(Seq RNA。- GEO /數組表達)		 microrna
(miRtarbase /目標掃描)		 轉錄因子
(RegNetworks)
WIF1 hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 129 - 5 - p;hsa - mir - 137;hsa - mir - 140 - 3 - p;hsa - mir - 144;hsa-miR-15a;hsa-miR-15b;hsa-miR-16;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 b; hsa-miR-181c; hsa-miR-181d
hsa - mir - 194;hsa - mir - 195;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa - mir - 216 b
hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 330 - 3 - p;hsa - mir - 335;hsa-miR-33a;hsa-miR-33b;hsa - mir - 424;hsa - mir - 429;hsa - mir - 450 b - 5 - p
hsa - mir - 485 - 3 - p;hsa - mir - 497;hsa - mir - 498;hsa - mir - 556 - 5 - p;hsa - mir - 578;hsa - mir - 586;hsa - mir - 603;hsa - mir - 654 - 3 - p;hsa - mir - 656;hsa - mir - 889		 CTCF;CUX1
AWAT2 hsa-let-7d;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 185;hsa-miR-34b;hsa - mir - 361 - 5 - p;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 768 - 3 - p
hsa - mir - 802;hsa - mir - 922		 FOXJ2
CDH12 hsa - mir - 137;hsa - mir - 383;hsa - mir - 453;hsa - mir - 499 - 3 - p;hsa - mir - 511;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 548 - a - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 648;hsa - mir - 922 FOXO4;HSF2
DDX25 hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa-miR-32 休息;USF1
KRT28 hsa - mir - 105;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 143;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 338 - 5 - p
hsa - mir - 495;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 b - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 548 d - 5 - p;hsa - mir - 567;hsa - mir - 570;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 595; hsa-miR-7; hsa-miR-944		 CTCF;PAX6;POU2F1;POU3F2
加 hsa - mir - 154;hsa - mir - 338 - 5 - p;hsa - mir - 345;hsa - mir - 376 c;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 665;hsa - mir - 888 馬克思;MYC;TAL1;TCF4
TFAP2A;TFAP2C
GPR12 hsa - mir - 302 a;hsa - mir - 302 b;hsa - mir - 302 c;hsa - mir - 302 d;hsa - mir - 372;hsa - mir - 373;hsa - mir - 520 - a - 3 - p
hsa - mir - 520 b;hsa - mir - 520 - c - 3 - p
hsa - mir - 520 d - 3 - p;hsa - mir - 520 e		 零
ROS1 hsa - mir - 325;hsa-miR-33a;hsa-miR-33b;hsa - mir - 586;hsa - mir - 606;hsa - mir - 609;hsa - mir - 613 ABL1
AXDND1 hsa - mir - 506;hsa - mir - 509 - 5 - p;hsa - mir - 557;hsa - mir - 890 GABPA;SPI1;YY1
SLC14A1 hsa - mir - 100;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa - mir - 429;hsa - mir - 496;hsa - mir - 500;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 575;hsa - mir - 586;hsa - mir - 591; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-99a; hsa-miR-99b CREB1;CTCF;GATA1;HNF4A;NFE2;TAL1: GATA1;真沸點
MYEOV hsa - mir - 105;hsa - mir - 214;hsa - mir - 365;hsa - mir - 610;hsa - mir - 650 CTCF;NFYA;NFYB;NFYC
TPPP hsa-miR-1;hsa - mir - 206 零
WDR72 hsa - mir - 186;hsa - mir - 576 - 5 - p;hsa - mir - 599 零
HMGCS2 hsa - mir - 490 - 5 - p 基於“增大化現實”技術;CEBPA;NFIC;PPARA;RXRA;RXRB基因;RXRG;TFAP2A
TNNI2 零 CTCF;CUX1;ELK1;POU2F1;RORA基因;SPI1;TFAP2A;TFAP2C
CNTNAP3B 零 HLF;STAT5A
ANKRD18A hsa - mir - 203;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 520 g;hsa - mir - 520 h;hsa - mir - 671 - 5 - p 零
ANKRD33B 零 EBF1;NFKB1;NFKB2;RELA;RELB;SPI1;TFAP2A;TFAP2C;USF1
ERBB4 hsa - mir - 101;hsa - mir - 106 a;hsa - mir - 125 - 5 - p;hsa - mir - 125 b;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 144; hsa-miR-145; hsa-miR-146a; hsa-miR-146b-5p; hsa-miR-17; hsa-miR-184; hsa-miR-186; hsa-miR-199a-3p; hsa-miR-199b-3p; hsa-miR-19a; hsa-miR-19b; hsa-miR-200b; hsa-miR-200c; hsa-miR-205; hsa-miR-219-1-3p; hsa-miR-22; hsa-miR-221; hsa-miR-222; hsa-miR-23a; hsa-miR-23b
hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa - mir - 300;hsa - mir - 301;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 302 d;hsa - mir - 323 - 3 - p;hsa - mir - 330 - 3 - p;hsa - mir - 335
hsa - mir - 339 - 5 - p;hsa - mir - 340;hsa - mir - 342 - 3 - p;hsa - mir - 342 - 5 - p;hsa - mir - 372;hsa - mir - 377;hsa - mir - 378
hsa - mir - 383;hsa - mir - 410;hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 429;hsa - mir - 432;hsa - mir - 433;hsa - mir - 454;hsa - mir - 495;hsa - mir - 507;hsa - mir - 508 - 3 - p; hsa-miR-518a-5p; hsa-miR-519a; hsa-miR-519b-3p; hsa-miR-519c-3p; hsa-miR-519d; hsa-miR-520g; hsa-miR-520h; hsa-miR-527; hsa-miR-539; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-548d-3p; hsa-miR-571; hsa-miR-576-5p; hsa-miR-578; hsa-miR-579; hsa-miR-583; hsa-miR-584; hsa-miR-590-3p; hsa-miR-606; hsa-miR-653; hsa-miR-7; hsa-miR-876-5p; hsa-miR-93; hsa-miR-940; hsa-miR-944; hsa-miR-96		 CEBPB;EP300;MEF2A;MEIS1;SMURF2;STAT5A;STAT5B;WWP1
TMEM132B hsa-miR-10a;hsa-miR-10b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 143;hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 152;hsa - mir - 199 - 5 - p;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 218; hsa-miR-221; hsa-miR-222; hsa-miR-224; hsa-miR-297; hsa-miR-298; hsa-miR-338-3p; hsa-miR-377; hsa-miR-433; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-590-3p; hsa-miR-653; hsa-miR-766 零
CNTNAP3 hsa-miR-22;hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa-miR-9 HLF;STAT5A
CNKSR2 hsa - mir - 144;hsa - mir - 199 b - 5 - p;hsa-miR-21;hsa-miR-25;hsa-miR-28-3p;hsa-miR-29b;hsa-miR-30c;hsa-miR-32;hsa - mir - 363;hsa - mir - 374 a; hsa-miR-374b; hsa-miR-450b-5p; hsa-miR-491-3p; hsa-miR-516b; hsa-miR-542-3p; hsa-miR-554; hsa-miR-627; hsa-miR-643; hsa-miR-942; hsa-miR-944 BACH2;NFE2
RAB3B hsa - mir - 194 SMAD1;SMAD4;TLX2
FREM2 hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 147;hsa - mir - 150;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa-miR-24;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b; hsa-miR-29c; hsa-miR-30b; hsa-miR-32; hsa-miR-363; hsa-miR-367;
hsa - mir - 412;hsa - mir - 429;hsa - mir - 494;hsa - mir - 509 - 3 - p;hsa - mir - 544;
hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 556 - 3 - p;hsa - mir - 568;hsa - mir - 580;hsa - mir - 590 - 3 - p;hsa - mir - 607;hsa - mir - 628 - 3 - p
hsa - mir - 633;hsa - mir - 802;hsa - mir - 885 - 5 - p;hsa-miR-9		 CTCF;EGR3;SP1;真沸點;ZEB1
ACADL hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 299 - 3 - p;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 641 PPARD;RXRA;RXRB基因
RXRG
CYP4A11 hsa - mir - 150 基於“增大化現實”技術;HNF4A;PPARA;PPARD;PPARG;RXRA;
RXRB基因;RXRG
BTBD16 hsa - mir - 204;hsa - mir - 211;hsa - mir - 337 - 3 - p;hsa - mir - 491 - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 599;hsa - mir - 605;hsa - mir - 625;hsa - mir - 875 - 3 - p CTCF;ELK1;TFAP2C;TLX2
WFDC3 hsa - mir - 185;hsa-miR-28-5p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 329;hsa - mir - 331 - 3 - p;hsa - mir - 361 - 3 - p;hsa - mir - 362 - 3 - p;hsa - mir - 455 - 3 - p; hsa-miR-619; hsa-miR-657; hsa-miR-765; hsa-miR-875-3p; hsa-miR-923 ATF1;ATF2;ATF3;ATF4;ATF5;ATF6;ATF7;CTCF;E2F1;ELK1; GABPA; JUN; NR3C1; RFX1; SP1; SPI1
ACTC1 hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 185;hsa - mir - 195;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa-miR-25;hsa-miR-30a;hsa-miR-30a-5p;hsa-miR-30b;hsa-miR-30c; hsa-miR-30d; hsa-miR-30e; hsa-miR-32; hsa-miR-324-3p; hsa-miR-340; hsa-miR-363; hsa-miR-367; hsa-miR-369-3p; hsa-miR-429; hsa-miR-495; hsa-miR-508-5p; hsa-miR-608; hsa-miR-7; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-876-3p; hsa-miR-92a; hsa-miR-92b BACH1;CUX1;IRF1;MEF2A;SRF;TFAP2A;TFAP2C;TGIF1;ZEB1
LHCGR hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 545 NFIC;SP1;TFAP2A
FADS2 hsa-let-7b 基於“增大化現實”技術;CEBPA;CTCF;CUX1;DDIT3;HNF4A;MYC;PPARA;RXRA;RXRB基因; RXRG
GRIN2A hsa - mir - 101;hsa - mir - 125 - 5 - p;hsa - mir - 125 b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 194;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 206;hsa - mir - 216 b; hsa-miR-220b; hsa-miR-299-5p; hsa-miR-325; hsa-miR-329; hsa-miR-330-5p; hsa-miR-331-5p; hsa-miR-362-3p; hsa-miR-376a; hsa-miR-376b; hsa-miR-451; hsa-miR-454; hsa-miR-510; hsa-miR-519d; hsa-miR-520h; hsa-miR-525-5p; hsa-miR-574-3p; hsa-miR-576-5p; hsa-miR-577; hsa-miR-584; hsa-miR-593; hsa-miR-598; hsa-miR-603; hsa-miR-628-5p; hsa-miR-630; hsa-miR-656; hsa-miR-765
hsa - mir - 767 - 5 - p;hsa-miR-9;hsa - mir - 939		 AHR;ARNT;CTCF;PAX5;休息;USF1
SYT17 hsa-miR-22;hsa - mir - 297;hsa - mir - 380;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 633 CTCF;MYC;PAX5;RREB1;TSC22D4
RORC hsa-let-7a;hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa-let-7e;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i
hsa - mir - 106 b;hsa - mir - 202;hsa - mir - 205;hsa-miR-20a;hsa - mir - 298;hsa - mir - 485 - 5 - p;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 519 - b - 3 - p;hsa - mir - 519 - c - 3 - p;hsa - mir - 593; hsa-miR-605; hsa-miR-608; hsa-miR-766; hsa-miR-93; hsa-miR-98		 ARNT;ARNTL;CEBPA;CHD4;時鍾;CTCF;FOXO4;LMO2;馬克思;MXI1: CLEC5A; NCOA6
NKX2-2;NPAS2;PPARG
SREBF1;SREBF2;TAL1
TCF3;USF1;ZEB1
CA1 hsa - mir - 944 真沸點
CHRM3 hsa-miR-30c;hsa - mir - 629 TFAP2A
FPGT-TNNI3K 零 AHR;ARNT;E2F1;E2F2
E2F3;E2F4;E2F5;E2F6
E2F7;EGR1;YY1
AGR3 hsa-miR-32;hsa - mir - 367;hsa - mir - 448;hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 507;hsa - mir - 548 - a - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 557;hsa - mir - 573;hsa - mir - 656; hsa-miR-876-5p 零
SOHLH1 hsa - mir - 132;hsa - mir - 220 c;hsa - mir - 484;hsa - mir - 504;hsa - mir - 516 - a - 3 - p;hsa - mir - 520 - 5 - p;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 600 CTCF;USF1
CYP1A2 零 CUX1;NFIC; NKX6-1;TAL1;TCF4;USF1;USF2
YY1
CYP2W1 hsa - mir - 423 - 3 - p;hsa - mir - 608;hsa - mir - 637 ZIC2
BTC hsa - mir - 490 - 3 - p CTCF;FOXC1;TFAP2A
USF1
監護係統 零 基於“增大化現實”技術;HNF1A;RORA基因
CHRM4 零 ARID5B;E2F1;E2F2;E2F3;E2F4;E2F5;E2F6
E2F7;FOXO4;GATA1
SYT9 hsa - mir - 1271;hsa - mir - 196 a;hsa - mir - 196 b;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 205;hsa-miR-29b;hsa - mir - 326;hsa - mir - 330 - 5 - p;hsa-miR-34a; hsa-miR-34c-5p; hsa-miR-448; hsa-miR-485-5p; hsa-miR-619; hsa-miR-671-5p; hsa-miR-9; hsa-miR-96 PATZ1;PAX5
SLC26A3 hsa-let-7a;hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa-let-7d;hsa-let-7f;hsa - mir - 125 - a - 3 - p;hsa - mir - 137;hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 190;hsa - mir - 190 b; hsa-miR-20b; hsa-miR-21; hsa-miR-28-3p; hsa-miR-340; hsa-miR-382; hsa-miR-494
hsa - mir - 556 - 5 - p;hsa - mir - 561;hsa - mir - 568;hsa - mir - 576 - 3 - p;hsa - mir - 590 - 5 - p;hsa - mir - 592;hsa - mir - 620
hsa - mir - 624;hsa - mir - 649;hsa - mir - 652;hsa - mir - 93;hsa - mir - 98		 ETS1;GATA1;HNF1A;PPARG;真沸點
SPINK1 hsa - mir - 659;hsa - mir - 876 - 5 - p CEBPB;FOXA2;FOXD1
FOXF2;HNF1A;RXRA
CILP2 零 CREB1;LMO2
SPINT3 零 休息
AADACL3 hsa-miR-32;hsa - mir - 520 - 5 - p;hsa - mir - 525 - 5 - p 零
HSD3B1 hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 371 - 5 - p;hsa - mir - 492;hsa - mir - 543;hsa - mir - 571;hsa - mir - 578;hsa - mir - 608; hsa-miR-650; hsa-miR-665; hsa-miR-885-3p 零
GJB4 零 NR2F2;我們;STAT5A;TCF3;TFAP2A;TFAP2C
ELOVL3 hsa - mir - 150;hsa - mir - 191;hsa - mir - 194;hsa-miR-23a;hsa-miR-23b;hsa - mir - 326;hsa - mir - 491 - 5 - p;hsa - mir - 494;hsa - mir - 516 b;hsa - mir - 532 - 3 - p; hsa-miR-548a-5p; hsa-miR-559; hsa-miR-578; hsa-miR-653; hsa-miR-671-5p; hsa-miR-802; hsa-miR-874 ARNT;NFYA
HAO2 零 POU2F1
THRSP hsa-let-7a;hsa-let-7c;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 98 CUX1;RXRA;SREBF1;SREBF2; TP53
NAT16 零 SP1
SERPINB4 零 FOXD1;CEBPA;FOXD1
S100A12 hsa - mir - 185;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 602;hsa - mir - 921 零
SPRR2C hsa - mir - 196 a RORA基因;SRF
TCN1 hsa - mir - 154;hsa - mir - 185;hsa-miR-30a;hsa - mir - 421;hsa - mir - 491 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 549;hsa - mir - 95 CTCF
PI3 hsa - mir - 214;hsa - mir - 298;hsa - mir - 299 - 3 - p;hsa - mir - 383;hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 552;hsa - mir - 564;hsa - mir - 675;hsa - mir - 768 - 5 - p;hsa - mir - 885 - 3 - p; hsa-miR-892b; hsa-miR-922 MXI1: CLEC5A
S100A9 hsa - mir - 196 a 基於“增大化現實”技術;CTCF;MYB;RARA;RARB;RARG;SPI1;真沸點;TFAP2A;TP53
KRT6C 零 PPARG;E2F1;安全係數;真沸點;AHR;ARNT;BACH1;安全係數;FOSB;FOSL1; JUN; JUNB; JUND; RREB1; SP1; SP3; TFAP2; TOPORS
TMPRSS11D hsa - mir - 590 - 3 - p HLF;IRF1
LTF hsa - mir - 214 CEBPA;CEBPE;ESR1;ETS1;SP1;SPI1
GJB2 hsa - mir - 323 - 3 - p;hsa - mir - 944 E2F4;ETV4;HNF1A;小君
PLA2G4D 零 POU2F1;POU2F2;POU3F1;POU3F2;POU3F3;POU5F1;RFX1
TNIP3 hsa - mir - 338 - 5 - p CEBPB;SPI1;TGIF1
VNN3 hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 199 - a - 3 - p;hsa - mir - 345;hsa - mir - 371 - 5 - p;hsa - mir - 421;hsa - mir - 455 - 3 - p;hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 505;hsa - mir - 514; hsa-miR-744 CTCF;FOXA2;NFKB1;NFKB2;REL;RELA;STAT5B
S100A8 hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 202;hsa - mir - 326;hsa - mir - 330 - 5 - p;hsa - mir - 544 基於“增大化現實”技術;安全係數;FOSB;小君;JUND;PDCD11;RARA;RARB;RARG;真沸點; TP53
OASL hsa-miR-1;hsa - mir - 184;hsa - mir - 206
hsa - mir - 298;hsa - mir - 516 b		 MBD1;THRA
HEPHL1 hsa - mir - 1297;hsa - mir - 145;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa - mir - 195;hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa-miR-30a; hsa-miR-30b; hsa-miR-30c; hsa-miR-30d; hsa-miR-30e; hsa-miR-424; hsa-miR-494; hsa-miR-543; hsa-miR-573 STAT3
SLC6A14 hsa-miR-23a;hsa-miR-23b;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 340;hsa - mir - 367;hsa - mir - 374 b;hsa - mir - 548 - 5 - p; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-548c-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-576-5p CEBPA;NFKB1;NFKB2
NR2F2;REL;RELA;TCF3;TLX2
AKR1B10 hsa-let-7a;hsa-let-7c;hsa-let-7d;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 196 a;hsa - mir - 196 b;hsa - mir - 923;hsa - mir - 98 MYC
RHCG 零 CTCF;EGR1;EGR2;EGR3;GATA1;SREBF1
SREBF2;USF1
SPRR1A hsa - mir - 105;hsa-miR-24;hsa - mir - 382;hsa - mir - 423 - 3 - p;hsa - mir - 484;hsa - mir - 501 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 509 - 3 - 5 - p;hsa - mir - 509 - 5 - p;
hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 542 - 3 - p;hsa - mir - 555;hsa - mir - 609;hsa-miR-7;hsa - mir - 768 - 5 - p		 BACH1;BACH2;安全係數;FOSB;FOSL1;小君;JUNB;JUND
TYMP 零 ATF1;ATF2;ATF3;ATF4;ATF5;ATF6;ATF7;E2F1;E2F2;E2F3; E2F4; E2F5; E2F6; E2F7; EGR1; FOXI1; FOXO3; FOXO3B; GABPA; HNF4A; LMO2; MAX; MYC; PPARG; SRF; STAT1; USF1
SPRR2A hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 133 a;hsa - mir - 133 b;hsa - mir - 185;hsa-miR-28-5p;hsa - mir - 383;hsa - mir - 610;hsa - mir - 920 安全係數;小君;MEF2A;NFKB1;POU2F1;POU2F3;TAL1: GATA1
ARSF 零 CTCF;FOXA1;FOXA2;HNF4A;PPARG: RXRA;RXRA
NOS2 零 CEBPA;CEBPB;CEBPD;ESR1;HIF1A;小君;NFIL3;NFKB1;NFKB2;NR2F2; RELA; STAT1; STAT3; TP53; USF1
CNFN 零 POU2F1;休息
KCNK10 hsa - mir - 101;hsa - mir - 124;hsa - mir - 128;hsa - mir - 128 a;hsa - mir - 128 b;hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 182;hsa - mir - 183;hsa-miR-22;hsa-miR-25; hsa-miR-32; hsa-miR-329; hsa-miR-331-5p; hsa-miR-362-3p; hsa-miR-363; hsa-miR-367; hsa-miR-455-3p; hsa-miR-485-5p; hsa-miR-498; hsa-miR-506; hsa-miR-507; hsa-miR-548a-5p; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548c-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-579; hsa-miR-649; hsa-miR-92a; hsa-miR-92b; hsa-miR-96 E2F1;EGR3;安全係數;FOSB;FOSL1;FOXO4;小君;JUNB;JUND;MEF2A; MIF; TLX2
S100A7A hsa - mir - 128 a;hsa-miR-27a;hsa-miR-27b;hsa - mir - 504;hsa - mir - 613;hsa - mir - 625 TGIF1
KLK13 hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 542 - 3 - p;hsa - mir - 591;hsa - mir - 620;hsa - mir - 654 - 5 - p CREB1;EGR1;KLF12;MZF1;PPARG
TGM1 hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 148 a;hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 149;hsa - mir - 152;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 345; hsa-miR-34a; hsa-miR-34c-5p; hsa-miR-361-3p; hsa-miR-378; hsa-miR-422a; hsa-miR-449a; hsa-miR-449b; hsa-miR-454; hsa-miR-502-5p; hsa-miR-508-5p; hsa-miR-558; hsa-miR-564; hsa-miR-617; hsa-miR-648; hsa-miR-920; hsa-miR-939 基於“增大化現實”技術;ESR1;HOXA7;RARA;RARB;RARG;TGIF1;TP5
SLC26A9 hsa - mir - 1271;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa-miR-22;hsa-miR-34c-3p;hsa - mir - 378;hsa - mir - 453;hsa - mir - 532 - 3 - p;hsa - mir - 543; hsa-miR-607; hsa-miR-645; hsa-miR-659; hsa-miR-760; hsa-miR-890; hsa-miR-96 ESR1;FOXI1;小君;NFYA;NFYB;NFYC;POU3F2;RREB1
FABP5 hsa - mir - 144;hsa - mir - 198;hsa - mir - 203;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 553;hsa - mir - 562;hsa - mir - 576 - 5 - p;hsa - mir - 603;hsa - mir - 616;hsa - mir - 620 CTCF;E2F1;馬克思;MYC
SPRR1B 零 小君
IL36A 零 SRF;真沸點
GJB6 hsa - mir - 203;hsa-miR-21;hsa - mir - 628 - 3 - p AHR;ARNT;RORA基因
哈爾 零 CEBPB;SREBF1;SREBF2;TFAP2A
UPP1 hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 384;hsa - mir - 539;hsa - mir - 561 EBF1;FLI1;HNF4A;馬克思;MXI1: CLEC5A;MYC;TFAP2A;USF1
ZC3H12A hsa-let-7i;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 144;hsa - mir - 192;hsa - mir - 193 - a - 3 - p;hsa - mir - 193 b;hsa - mir - 369 - 5 - p;hsa - mir - 421;hsa - mir - 431;hsa - mir - 432; hsa-miR-449b; hsa-miR-486-3p; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-885-3p; hsa-miR-9 CEBPA;EGR1;安全係數;FOSB;FOSL1;小君;JUNB;JUND;PAX6;RFX1; SREBF1; SREBF2; SRF
FUT3 hsa - mir - 125 - a - 3 - p 零
DEFB4A hsa - mir - 129 - 3 - p;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa - mir - 593;hsa - mir - 646 CDC5L
IL19 零 CEBPA;CEBPB;CTCF
NFKB1;NFKB2;REL;RELA;TCF3
CLEC3A hsa - mir - 363;hsa - mir - 383;hsa - mir - 624 SRF
SPRR2F hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa-miR-18b;hsa - mir - 383;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 920 零
IL17A hsa - mir - 520 f;hsa - mir - 875 - 5 - p BACH1;HOXA9;MEIS1;RORA基因;真沸點
LCE3A 零 CTCF;安全係數;FOSB;FOSL1;HNF1A;小君JUNB;JUND
ZBTB17 零 TMPRSS11A
SPRR3 hsa - mir - 338 - 3 - p;hsa - mir - 641;hsa - mir - 921 ATF1;安全係數;小君;POU2F1
KRT24 hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 198;hsa - mir - 335;hsa - mir - 378;hsa - mir - 382
hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 488;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 b - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 548 d - 5 - p;hsa - mir - 559;hsa - mir - 576 - 3 - p;hsa - mir - 576 - 5 - p; hsa-miR-581; hsa-miR-599; hsa-miR-630; hsa-miR-640; hsa-miR-921		 TFAP4
S100A7A hsa - mir - 128 a;hsa-miR-27a;hsa-miR-27b;hsa - mir - 504;hsa - mir - 613;hsa - mir - 625 TGIF1
IL17F hsa - mir - 501 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 544;hsa - mir - 555;hsa - mir - 573;hsa - mir - 590 - 3 - p;hsa - mir - 608;
hsa - mir - 924;hsa - mir - 944;hsa - mir - 96		 CEBPB;小君;RORA基因;真沸點
處於受控 零 小君;MAPK11;MAPK12;MAPK13;MAPK14;NFKB1;PATZ1;REL;RELA;SP1; SP3
LCE3C 零 PAX6
CXCL13 hsa - mir - 153;hsa - mir - 186;hsa - mir - 198;hsa - mir - 340;hsa - mir - 452;hsa - mir - 590 - 3 - p GATA1;GATA2;GATA3;POU2F1
C12orf74 零 POU2F1;SPI1
CLDN17 零 ARID5B
GDA hsa - mir - 106 a;hsa - mir - 106 b;hsa-miR-10a;hsa-miR-10b;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 140 - 5 - p;hsa - mir - 146 a;hsa - mir - 146 b - 5 - p; hsa-miR-17; hsa-miR-181a;
hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa - mir - 182;hsa - mir - 183
hsa - mir - 186;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 206;hsa-miR-20a;hsa-miR-20b;hsa - mir - 212;hsa - mir - 221;hsa - mir - 222;hsa-miR-23a; hsa-miR-28-5p; hsa-miR-29a; hsa-miR-29b; hsa-miR-29c; hsa-miR-301; hsa-miR-301a; hsa-miR-301b; hsa-miR-30a; hsa-miR-30b; hsa-miR-330-3p; hsa-miR-330-5p; hsa-miR-342-3p; hsa-miR-384; hsa-miR-409-5p; hsa-miR-454; hsa-miR-455-5p; hsa-miR-485-3p
hsa - mir - 485 - 5 - p;hsa - mir - 487 a;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 519 - b - 3 - p;hsa - mir - 519 - c - 3 - p;hsa - mir - 519 d;hsa - mir - 519 e;hsa - mir - 520 d - 3 - p;hsa - mir - 520 g;hsa - mir - 520 h; hsa-miR-539; hsa-miR-543; hsa-miR-548a-3p; hsa-miR-559; hsa-miR-561; hsa-miR-563; hsa-miR-579; hsa-miR-580; hsa-miR-582-5p; hsa-miR-589; hsa-miR-613; hsa-miR-617; hsa-miR-620; hsa-miR-624; hsa-miR-767-5p; hsa-miR-885-3p; hsa-miR-891b; hsa-miR-93		 CDC5L;RFX1
IL22 hsa-miR-1;hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 203;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 335;hsa - mir - 340;hsa - mir - 409 - 3 - p;hsa - mir - 422 a; hsa-miR-433; hsa-miR-493; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-562; hsa-miR-579; hsa-miR-875-3p; hsa-miR-935; hsa-miR-944 BPTF;GATA1;真沸點
IL20 hsa - mir - 103;hsa - mir - 107;hsa - mir - 151 - 3 - p;hsa - mir - 153;hsa - mir - 154;hsa-miR-15a;hsa-miR-15b;hsa-miR-16;hsa - mir - 195;hsa-miR-19a; hsa-miR-19b; hsa-miR-26a; hsa-miR-26b; hsa-miR-300; hsa-miR-301a; hsa-miR-301b; hsa-miR-331-3p; hsa-miR-338-3p; hsa-miR-381; hsa-miR-424; hsa-miR-491-3p; hsa-miR-497; hsa-miR-499-5p; hsa-miR-503; hsa-miR-518a-5p; hsa-miR-532-5p; hsa-miR-548c-3p
hsa - mir - 551 a;hsa - mir - 551 b;hsa - mir - 561;hsa - mir - 568;hsa - mir - 590 - 5 - p;hsa - mir - 616;hsa - mir - 634;hsa - mir - 655;hsa - mir - 659;hsa-miR-7; hsa-miR-876-3p; hsa-miR-936		 CTCF
IL36G hsa - mir - 143;hsa - mir - 208 b;hsa-miR-22;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 548 - c - 5 - p 零
CASP5 零 馬克思;POU2F1
USF1 零 USF1
基因
(Seq RNA。- GEO /數組表達)		 microrna
(miRtarbase /目標掃描)		 轉錄因子
(RegNetworks)
WIF1 hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 129 - 5 - p;hsa - mir - 137;hsa - mir - 140 - 3 - p;hsa - mir - 144;hsa-miR-15a;hsa-miR-15b;hsa-miR-16;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 b; hsa-miR-181c; hsa-miR-181d
hsa - mir - 194;hsa - mir - 195;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa - mir - 216 b
hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 330 - 3 - p;hsa - mir - 335;hsa-miR-33a;hsa-miR-33b;hsa - mir - 424;hsa - mir - 429;hsa - mir - 450 b - 5 - p
hsa - mir - 485 - 3 - p;hsa - mir - 497;hsa - mir - 498;hsa - mir - 556 - 5 - p;hsa - mir - 578;hsa - mir - 586;hsa - mir - 603;hsa - mir - 654 - 3 - p;hsa - mir - 656;hsa - mir - 889		 CTCF;CUX1
AWAT2 hsa-let-7d;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 185;hsa-miR-34b;hsa - mir - 361 - 5 - p;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 768 - 3 - p
hsa - mir - 802;hsa - mir - 922		 FOXJ2
CDH12 hsa - mir - 137;hsa - mir - 383;hsa - mir - 453;hsa - mir - 499 - 3 - p;hsa - mir - 511;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 548 - a - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 648;hsa - mir - 922 FOXO4;HSF2
DDX25 hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa-miR-32 休息;USF1
KRT28 hsa - mir - 105;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 143;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 338 - 5 - p
hsa - mir - 495;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 b - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 548 d - 5 - p;hsa - mir - 567;hsa - mir - 570;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 595; hsa-miR-7; hsa-miR-944		 CTCF;PAX6;POU2F1;POU3F2
加 hsa - mir - 154;hsa - mir - 338 - 5 - p;hsa - mir - 345;hsa - mir - 376 c;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 665;hsa - mir - 888 馬克思;MYC;TAL1;TCF4
TFAP2A;TFAP2C
GPR12 hsa - mir - 302 a;hsa - mir - 302 b;hsa - mir - 302 c;hsa - mir - 302 d;hsa - mir - 372;hsa - mir - 373;hsa - mir - 520 - a - 3 - p
hsa - mir - 520 b;hsa - mir - 520 - c - 3 - p
hsa - mir - 520 d - 3 - p;hsa - mir - 520 e		 零
ROS1 hsa - mir - 325;hsa-miR-33a;hsa-miR-33b;hsa - mir - 586;hsa - mir - 606;hsa - mir - 609;hsa - mir - 613 ABL1
AXDND1 hsa - mir - 506;hsa - mir - 509 - 5 - p;hsa - mir - 557;hsa - mir - 890 GABPA;SPI1;YY1
SLC14A1 hsa - mir - 100;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa - mir - 429;hsa - mir - 496;hsa - mir - 500;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 575;hsa - mir - 586;hsa - mir - 591; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-99a; hsa-miR-99b CREB1;CTCF;GATA1;HNF4A;NFE2;TAL1: GATA1;真沸點
MYEOV hsa - mir - 105;hsa - mir - 214;hsa - mir - 365;hsa - mir - 610;hsa - mir - 650 CTCF;NFYA;NFYB;NFYC
TPPP hsa-miR-1;hsa - mir - 206 零
WDR72 hsa - mir - 186;hsa - mir - 576 - 5 - p;hsa - mir - 599 零
HMGCS2 hsa - mir - 490 - 5 - p 基於“增大化現實”技術;CEBPA;NFIC;PPARA;RXRA;RXRB基因;RXRG;TFAP2A
TNNI2 零 CTCF;CUX1;ELK1;POU2F1;RORA基因;SPI1;TFAP2A;TFAP2C
CNTNAP3B 零 HLF;STAT5A
ANKRD18A hsa - mir - 203;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 520 g;hsa - mir - 520 h;hsa - mir - 671 - 5 - p 零
ANKRD33B 零 EBF1;NFKB1;NFKB2;RELA;RELB;SPI1;TFAP2A;TFAP2C;USF1
ERBB4 hsa - mir - 101;hsa - mir - 106 a;hsa - mir - 125 - 5 - p;hsa - mir - 125 b;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 144; hsa-miR-145; hsa-miR-146a; hsa-miR-146b-5p; hsa-miR-17; hsa-miR-184; hsa-miR-186; hsa-miR-199a-3p; hsa-miR-199b-3p; hsa-miR-19a; hsa-miR-19b; hsa-miR-200b; hsa-miR-200c; hsa-miR-205; hsa-miR-219-1-3p; hsa-miR-22; hsa-miR-221; hsa-miR-222; hsa-miR-23a; hsa-miR-23b
hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa - mir - 300;hsa - mir - 301;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 302 d;hsa - mir - 323 - 3 - p;hsa - mir - 330 - 3 - p;hsa - mir - 335
hsa - mir - 339 - 5 - p;hsa - mir - 340;hsa - mir - 342 - 3 - p;hsa - mir - 342 - 5 - p;hsa - mir - 372;hsa - mir - 377;hsa - mir - 378
hsa - mir - 383;hsa - mir - 410;hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 429;hsa - mir - 432;hsa - mir - 433;hsa - mir - 454;hsa - mir - 495;hsa - mir - 507;hsa - mir - 508 - 3 - p; hsa-miR-518a-5p; hsa-miR-519a; hsa-miR-519b-3p; hsa-miR-519c-3p; hsa-miR-519d; hsa-miR-520g; hsa-miR-520h; hsa-miR-527; hsa-miR-539; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-548d-3p; hsa-miR-571; hsa-miR-576-5p; hsa-miR-578; hsa-miR-579; hsa-miR-583; hsa-miR-584; hsa-miR-590-3p; hsa-miR-606; hsa-miR-653; hsa-miR-7; hsa-miR-876-5p; hsa-miR-93; hsa-miR-940; hsa-miR-944; hsa-miR-96		 CEBPB;EP300;MEF2A;MEIS1;SMURF2;STAT5A;STAT5B;WWP1
TMEM132B hsa-miR-10a;hsa-miR-10b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 143;hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 152;hsa - mir - 199 - 5 - p;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 218; hsa-miR-221; hsa-miR-222; hsa-miR-224; hsa-miR-297; hsa-miR-298; hsa-miR-338-3p; hsa-miR-377; hsa-miR-433; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-590-3p; hsa-miR-653; hsa-miR-766 零
CNTNAP3 hsa-miR-22;hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa-miR-9 HLF;STAT5A
CNKSR2 hsa - mir - 144;hsa - mir - 199 b - 5 - p;hsa-miR-21;hsa-miR-25;hsa-miR-28-3p;hsa-miR-29b;hsa-miR-30c;hsa-miR-32;hsa - mir - 363;hsa - mir - 374 a; hsa-miR-374b; hsa-miR-450b-5p; hsa-miR-491-3p; hsa-miR-516b; hsa-miR-542-3p; hsa-miR-554; hsa-miR-627; hsa-miR-643; hsa-miR-942; hsa-miR-944 BACH2;NFE2
RAB3B hsa - mir - 194 SMAD1;SMAD4;TLX2
FREM2 hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 147;hsa - mir - 150;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa-miR-24;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b; hsa-miR-29c; hsa-miR-30b; hsa-miR-32; hsa-miR-363; hsa-miR-367;
hsa - mir - 412;hsa - mir - 429;hsa - mir - 494;hsa - mir - 509 - 3 - p;hsa - mir - 544;
hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 556 - 3 - p;hsa - mir - 568;hsa - mir - 580;hsa - mir - 590 - 3 - p;hsa - mir - 607;hsa - mir - 628 - 3 - p
hsa - mir - 633;hsa - mir - 802;hsa - mir - 885 - 5 - p;hsa-miR-9		 CTCF;EGR3;SP1;真沸點;ZEB1
ACADL hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 299 - 3 - p;hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 641 PPARD;RXRA;RXRB基因
RXRG
CYP4A11 hsa - mir - 150 基於“增大化現實”技術;HNF4A;PPARA;PPARD;PPARG;RXRA;
RXRB基因;RXRG
BTBD16 hsa - mir - 204;hsa - mir - 211;hsa - mir - 337 - 3 - p;hsa - mir - 491 - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 599;hsa - mir - 605;hsa - mir - 625;hsa - mir - 875 - 3 - p CTCF;ELK1;TFAP2C;TLX2
WFDC3 hsa - mir - 185;hsa-miR-28-5p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 329;hsa - mir - 331 - 3 - p;hsa - mir - 361 - 3 - p;hsa - mir - 362 - 3 - p;hsa - mir - 455 - 3 - p; hsa-miR-619; hsa-miR-657; hsa-miR-765; hsa-miR-875-3p; hsa-miR-923 ATF1;ATF2;ATF3;ATF4;ATF5;ATF6;ATF7;CTCF;E2F1;ELK1; GABPA; JUN; NR3C1; RFX1; SP1; SPI1
ACTC1 hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 185;hsa - mir - 195;hsa - mir - 200 b;hsa - mir - 200 c;hsa-miR-25;hsa-miR-30a;hsa-miR-30a-5p;hsa-miR-30b;hsa-miR-30c; hsa-miR-30d; hsa-miR-30e; hsa-miR-32; hsa-miR-324-3p; hsa-miR-340; hsa-miR-363; hsa-miR-367; hsa-miR-369-3p; hsa-miR-429; hsa-miR-495; hsa-miR-508-5p; hsa-miR-608; hsa-miR-7; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-876-3p; hsa-miR-92a; hsa-miR-92b BACH1;CUX1;IRF1;MEF2A;SRF;TFAP2A;TFAP2C;TGIF1;ZEB1
LHCGR hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 545 NFIC;SP1;TFAP2A
FADS2 hsa-let-7b 基於“增大化現實”技術;CEBPA;CTCF;CUX1;DDIT3;HNF4A;MYC;PPARA;RXRA;RXRB基因; RXRG
GRIN2A hsa - mir - 101;hsa - mir - 125 - 5 - p;hsa - mir - 125 b;hsa - mir - 137;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 194;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 206;hsa - mir - 216 b; hsa-miR-220b; hsa-miR-299-5p; hsa-miR-325; hsa-miR-329; hsa-miR-330-5p; hsa-miR-331-5p; hsa-miR-362-3p; hsa-miR-376a; hsa-miR-376b; hsa-miR-451; hsa-miR-454; hsa-miR-510; hsa-miR-519d; hsa-miR-520h; hsa-miR-525-5p; hsa-miR-574-3p; hsa-miR-576-5p; hsa-miR-577; hsa-miR-584; hsa-miR-593; hsa-miR-598; hsa-miR-603; hsa-miR-628-5p; hsa-miR-630; hsa-miR-656; hsa-miR-765
hsa - mir - 767 - 5 - p;hsa-miR-9;hsa - mir - 939		 AHR;ARNT;CTCF;PAX5;休息;USF1
SYT17 hsa-miR-22;hsa - mir - 297;hsa - mir - 380;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 633 CTCF;MYC;PAX5;RREB1;TSC22D4
RORC hsa-let-7a;hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa-let-7e;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i
hsa - mir - 106 b;hsa - mir - 202;hsa - mir - 205;hsa-miR-20a;hsa - mir - 298;hsa - mir - 485 - 5 - p;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 519 - b - 3 - p;hsa - mir - 519 - c - 3 - p;hsa - mir - 593; hsa-miR-605; hsa-miR-608; hsa-miR-766; hsa-miR-93; hsa-miR-98		 ARNT;ARNTL;CEBPA;CHD4;時鍾;CTCF;FOXO4;LMO2;馬克思;MXI1: CLEC5A; NCOA6
NKX2-2;NPAS2;PPARG
SREBF1;SREBF2;TAL1
TCF3;USF1;ZEB1
CA1 hsa - mir - 944 真沸點
CHRM3 hsa-miR-30c;hsa - mir - 629 TFAP2A
FPGT-TNNI3K 零 AHR;ARNT;E2F1;E2F2
E2F3;E2F4;E2F5;E2F6
E2F7;EGR1;YY1
AGR3 hsa-miR-32;hsa - mir - 367;hsa - mir - 448;hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 507;hsa - mir - 548 - a - 3 - p;hsa - mir - 548 - c - 3 - p;hsa - mir - 557;hsa - mir - 573;hsa - mir - 656; hsa-miR-876-5p 零
SOHLH1 hsa - mir - 132;hsa - mir - 220 c;hsa - mir - 484;hsa - mir - 504;hsa - mir - 516 - a - 3 - p;hsa - mir - 520 - 5 - p;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 600 CTCF;USF1
CYP1A2 零 CUX1;NFIC; NKX6-1;TAL1;TCF4;USF1;USF2
YY1
CYP2W1 hsa - mir - 423 - 3 - p;hsa - mir - 608;hsa - mir - 637 ZIC2
BTC hsa - mir - 490 - 3 - p CTCF;FOXC1;TFAP2A
USF1
監護係統 零 基於“增大化現實”技術;HNF1A;RORA基因
CHRM4 零 ARID5B;E2F1;E2F2;E2F3;E2F4;E2F5;E2F6
E2F7;FOXO4;GATA1
SYT9 hsa - mir - 1271;hsa - mir - 196 a;hsa - mir - 196 b;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 205;hsa-miR-29b;hsa - mir - 326;hsa - mir - 330 - 5 - p;hsa-miR-34a; hsa-miR-34c-5p; hsa-miR-448; hsa-miR-485-5p; hsa-miR-619; hsa-miR-671-5p; hsa-miR-9; hsa-miR-96 PATZ1;PAX5
SLC26A3 hsa-let-7a;hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa-let-7d;hsa-let-7f;hsa - mir - 125 - a - 3 - p;hsa - mir - 137;hsa - mir - 142 - 5 - p;hsa - mir - 190;hsa - mir - 190 b; hsa-miR-20b; hsa-miR-21; hsa-miR-28-3p; hsa-miR-340; hsa-miR-382; hsa-miR-494
hsa - mir - 556 - 5 - p;hsa - mir - 561;hsa - mir - 568;hsa - mir - 576 - 3 - p;hsa - mir - 590 - 5 - p;hsa - mir - 592;hsa - mir - 620
hsa - mir - 624;hsa - mir - 649;hsa - mir - 652;hsa - mir - 93;hsa - mir - 98		 ETS1;GATA1;HNF1A;PPARG;真沸點
SPINK1 hsa - mir - 659;hsa - mir - 876 - 5 - p CEBPB;FOXA2;FOXD1
FOXF2;HNF1A;RXRA
CILP2 零 CREB1;LMO2
SPINT3 零 休息
AADACL3 hsa-miR-32;hsa - mir - 520 - 5 - p;hsa - mir - 525 - 5 - p 零
HSD3B1 hsa-let-7b;hsa-let-7c;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 371 - 5 - p;hsa - mir - 492;hsa - mir - 543;hsa - mir - 571;hsa - mir - 578;hsa - mir - 608; hsa-miR-650; hsa-miR-665; hsa-miR-885-3p 零
GJB4 零 NR2F2;我們;STAT5A;TCF3;TFAP2A;TFAP2C
ELOVL3 hsa - mir - 150;hsa - mir - 191;hsa - mir - 194;hsa-miR-23a;hsa-miR-23b;hsa - mir - 326;hsa - mir - 491 - 5 - p;hsa - mir - 494;hsa - mir - 516 b;hsa - mir - 532 - 3 - p; hsa-miR-548a-5p; hsa-miR-559; hsa-miR-578; hsa-miR-653; hsa-miR-671-5p; hsa-miR-802; hsa-miR-874 ARNT;NFYA
HAO2 零 POU2F1
THRSP hsa-let-7a;hsa-let-7c;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 98 CUX1;RXRA;SREBF1;SREBF2; TP53
NAT16 零 SP1
SERPINB4 零 FOXD1;CEBPA;FOXD1
S100A12 hsa - mir - 185;hsa - mir - 574 - 5 - p;hsa - mir - 602;hsa - mir - 921 零
SPRR2C hsa - mir - 196 a RORA基因;SRF
TCN1 hsa - mir - 154;hsa - mir - 185;hsa-miR-30a;hsa - mir - 421;hsa - mir - 491 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 549;hsa - mir - 95 CTCF
PI3 hsa - mir - 214;hsa - mir - 298;hsa - mir - 299 - 3 - p;hsa - mir - 383;hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 552;hsa - mir - 564;hsa - mir - 675;hsa - mir - 768 - 5 - p;hsa - mir - 885 - 3 - p; hsa-miR-892b; hsa-miR-922 MXI1: CLEC5A
S100A9 hsa - mir - 196 a 基於“增大化現實”技術;CTCF;MYB;RARA;RARB;RARG;SPI1;真沸點;TFAP2A;TP53
KRT6C 零 PPARG;E2F1;安全係數;真沸點;AHR;ARNT;BACH1;安全係數;FOSB;FOSL1; JUN; JUNB; JUND; RREB1; SP1; SP3; TFAP2; TOPORS
TMPRSS11D hsa - mir - 590 - 3 - p HLF;IRF1
LTF hsa - mir - 214 CEBPA;CEBPE;ESR1;ETS1;SP1;SPI1
GJB2 hsa - mir - 323 - 3 - p;hsa - mir - 944 E2F4;ETV4;HNF1A;小君
PLA2G4D 零 POU2F1;POU2F2;POU3F1;POU3F2;POU3F3;POU5F1;RFX1
TNIP3 hsa - mir - 338 - 5 - p CEBPB;SPI1;TGIF1
VNN3 hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 199 - a - 3 - p;hsa - mir - 345;hsa - mir - 371 - 5 - p;hsa - mir - 421;hsa - mir - 455 - 3 - p;hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 505;hsa - mir - 514; hsa-miR-744 CTCF;FOXA2;NFKB1;NFKB2;REL;RELA;STAT5B
S100A8 hsa - mir - 135 a;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 202;hsa - mir - 326;hsa - mir - 330 - 5 - p;hsa - mir - 544 基於“增大化現實”技術;安全係數;FOSB;小君;JUND;PDCD11;RARA;RARB;RARG;真沸點; TP53
OASL hsa-miR-1;hsa - mir - 184;hsa - mir - 206
hsa - mir - 298;hsa - mir - 516 b		 MBD1;THRA
HEPHL1 hsa - mir - 1297;hsa - mir - 145;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa - mir - 195;hsa-miR-26a;hsa-miR-26b;hsa-miR-30a; hsa-miR-30b; hsa-miR-30c; hsa-miR-30d; hsa-miR-30e; hsa-miR-424; hsa-miR-494; hsa-miR-543; hsa-miR-573 STAT3
SLC6A14 hsa-miR-23a;hsa-miR-23b;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 340;hsa - mir - 367;hsa - mir - 374 b;hsa - mir - 548 - 5 - p; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548c-3p; hsa-miR-548c-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-576-5p CEBPA;NFKB1;NFKB2
NR2F2;REL;RELA;TCF3;TLX2
AKR1B10 hsa-let-7a;hsa-let-7c;hsa-let-7d;hsa-let-7f;hsa-let-7g;hsa-let-7i;hsa - mir - 196 a;hsa - mir - 196 b;hsa - mir - 923;hsa - mir - 98 MYC
RHCG 零 CTCF;EGR1;EGR2;EGR3;GATA1;SREBF1
SREBF2;USF1
SPRR1A hsa - mir - 105;hsa-miR-24;hsa - mir - 382;hsa - mir - 423 - 3 - p;hsa - mir - 484;hsa - mir - 501 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 509 - 3 - 5 - p;hsa - mir - 509 - 5 - p;
hsa - mir - 518 - 5 - p;hsa - mir - 542 - 3 - p;hsa - mir - 555;hsa - mir - 609;hsa-miR-7;hsa - mir - 768 - 5 - p		 BACH1;BACH2;安全係數;FOSB;FOSL1;小君;JUNB;JUND
TYMP 零 ATF1;ATF2;ATF3;ATF4;ATF5;ATF6;ATF7;E2F1;E2F2;E2F3; E2F4; E2F5; E2F6; E2F7; EGR1; FOXI1; FOXO3; FOXO3B; GABPA; HNF4A; LMO2; MAX; MYC; PPARG; SRF; STAT1; USF1
SPRR2A hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 133 a;hsa - mir - 133 b;hsa - mir - 185;hsa-miR-28-5p;hsa - mir - 383;hsa - mir - 610;hsa - mir - 920 安全係數;小君;MEF2A;NFKB1;POU2F1;POU2F3;TAL1: GATA1
ARSF 零 CTCF;FOXA1;FOXA2;HNF4A;PPARG: RXRA;RXRA
NOS2 零 CEBPA;CEBPB;CEBPD;ESR1;HIF1A;小君;NFIL3;NFKB1;NFKB2;NR2F2; RELA; STAT1; STAT3; TP53; USF1
CNFN 零 POU2F1;休息
KCNK10 hsa - mir - 101;hsa - mir - 124;hsa - mir - 128;hsa - mir - 128 a;hsa - mir - 128 b;hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 182;hsa - mir - 183;hsa-miR-22;hsa-miR-25; hsa-miR-32; hsa-miR-329; hsa-miR-331-5p; hsa-miR-362-3p; hsa-miR-363; hsa-miR-367; hsa-miR-455-3p; hsa-miR-485-5p; hsa-miR-498; hsa-miR-506; hsa-miR-507; hsa-miR-548a-5p; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548c-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-579; hsa-miR-649; hsa-miR-92a; hsa-miR-92b; hsa-miR-96 E2F1;EGR3;安全係數;FOSB;FOSL1;FOXO4;小君;JUNB;JUND;MEF2A; MIF; TLX2
S100A7A hsa - mir - 128 a;hsa-miR-27a;hsa-miR-27b;hsa - mir - 504;hsa - mir - 613;hsa - mir - 625 TGIF1
KLK13 hsa - mir - 455 - 5 - p;hsa - mir - 542 - 3 - p;hsa - mir - 591;hsa - mir - 620;hsa - mir - 654 - 5 - p CREB1;EGR1;KLF12;MZF1;PPARG
TGM1 hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 142 - 3 - p;hsa - mir - 148 a;hsa - mir - 148 b;hsa - mir - 149;hsa - mir - 152;hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 345; hsa-miR-34a; hsa-miR-34c-5p; hsa-miR-361-3p; hsa-miR-378; hsa-miR-422a; hsa-miR-449a; hsa-miR-449b; hsa-miR-454; hsa-miR-502-5p; hsa-miR-508-5p; hsa-miR-558; hsa-miR-564; hsa-miR-617; hsa-miR-648; hsa-miR-920; hsa-miR-939 基於“增大化現實”技術;ESR1;HOXA7;RARA;RARB;RARG;TGIF1;TP53
SLC26A9 hsa - mir - 1271;hsa - mir - 181 a;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa-miR-22;hsa-miR-34c-3p;hsa - mir - 378;hsa - mir - 453;hsa - mir - 532 - 3 - p;hsa - mir - 543; hsa-miR-607; hsa-miR-645; hsa-miR-659; hsa-miR-760; hsa-miR-890; hsa-miR-96 ESR1;FOXI1;小君;NFYA;NFYB;NFYC;POU3F2;RREB1
FABP5 hsa - mir - 144;hsa - mir - 198;hsa - mir - 203;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 553;hsa - mir - 562;hsa - mir - 576 - 5 - p;hsa - mir - 603;hsa - mir - 616;hsa - mir - 620 CTCF;E2F1;馬克思;MYC
SPRR1B 零 小君
IL36A 零 SRF;真沸點
GJB6 hsa - mir - 203;hsa-miR-21;hsa - mir - 628 - 3 - p AHR;ARNT;RORA基因
哈爾 零 CEBPB;SREBF1;SREBF2;TFAP2A
UPP1 hsa - mir - 301 a;hsa - mir - 301 b;hsa - mir - 384;hsa - mir - 539;hsa - mir - 561 EBF1;FLI1;HNF4A;馬克思;MXI1: CLEC5A;MYC;TFAP2A;USF1
ZC3H12A hsa-let-7i;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 144;hsa - mir - 192;hsa - mir - 193 - a - 3 - p;hsa - mir - 193 b;hsa - mir - 369 - 5 - p;hsa - mir - 421;hsa - mir - 431;hsa - mir - 432; hsa-miR-449b; hsa-miR-486-3p; hsa-miR-768-5p; hsa-miR-885-3p; hsa-miR-9 CEBPA;EGR1;安全係數;FOSB;FOSL1;小君;JUNB;JUND;PAX6;RFX1; SREBF1; SREBF2; SRF
FUT3 hsa - mir - 125 - a - 3 - p 零
DEFB4A hsa - mir - 129 - 3 - p;hsa - mir - 299 - 5 - p;hsa - mir - 593;hsa - mir - 646 CDC5L
IL19 零 CEBPA;CEBPB;CTCF
NFKB1;NFKB2;REL;RELA;TCF3
CLEC3A hsa - mir - 363;hsa - mir - 383;hsa - mir - 624 SRF
SPRR2F hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa-miR-18b;hsa - mir - 383;hsa - mir - 501 - 5 - p;hsa - mir - 920 零
IL17A hsa - mir - 520 f;hsa - mir - 875 - 5 - p BACH1;HOXA9;MEIS1;RORA基因;真沸點
LCE3A 零 CTCF;安全係數;FOSB;FOSL1;HNF1A;小君JUNB;JUND
ZBTB17 零 TMPRSS11A
SPRR3 hsa - mir - 338 - 3 - p;hsa - mir - 641;hsa - mir - 921 ATF1;安全係數;小君;POU2F1
KRT24 hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 198;hsa - mir - 335;hsa - mir - 378;hsa - mir - 382
hsa - mir - 422 a;hsa - mir - 488;hsa - mir - 525 - 5 - p;hsa - mir - 548 - 5 - p;hsa - mir - 548 b - 5 - p;hsa - mir - 548 - c - 5 - p;hsa - mir - 548 d - 5 - p;hsa - mir - 559;hsa - mir - 576 - 3 - p;hsa - mir - 576 - 5 - p; hsa-miR-581; hsa-miR-599; hsa-miR-630; hsa-miR-640; hsa-miR-921		 TFAP4
S100A7A hsa - mir - 128 a;hsa-miR-27a;hsa-miR-27b;hsa - mir - 504;hsa - mir - 613;hsa - mir - 625 TGIF1
IL17F hsa - mir - 501 - 3 - p;hsa - mir - 502 - 3 - p;hsa - mir - 544;hsa - mir - 555;hsa - mir - 573;hsa - mir - 590 - 3 - p;hsa - mir - 608;
hsa - mir - 924;hsa - mir - 944;hsa - mir - 96		 CEBPB;小君;RORA基因;真沸點
處於受控 零 小君;MAPK11;MAPK12;MAPK13;MAPK14;NFKB1;PATZ1;REL;RELA;SP1; SP3
LCE3C 零 PAX6
CXCL13 hsa - mir - 153;hsa - mir - 186;hsa - mir - 198;hsa - mir - 340;hsa - mir - 452;hsa - mir - 590 - 3 - p GATA1;GATA2;GATA3;POU2F1
C12orf74 零 POU2F1;SPI1
CLDN17 零 ARID5B
GDA hsa - mir - 106 a;hsa - mir - 106 b;hsa-miR-10a;hsa-miR-10b;hsa - mir - 130 a;hsa - mir - 130 b;hsa - mir - 139 - 5 - p;hsa - mir - 140 - 5 - p;hsa - mir - 146 a;hsa - mir - 146 b - 5 - p; hsa-miR-17; hsa-miR-181a;
hsa - mir - 181 b;hsa - mir - 181 c;hsa - mir - 181 d;hsa - mir - 182;hsa - mir - 183
hsa - mir - 186;hsa-miR-19a;hsa-miR-19b;hsa - mir - 206;hsa-miR-20a;hsa-miR-20b;hsa - mir - 212;hsa - mir - 221;hsa - mir - 222;hsa-miR-23a; hsa-miR-28-5p; hsa-miR-29a; hsa-miR-29b; hsa-miR-29c; hsa-miR-301; hsa-miR-301a; hsa-miR-301b; hsa-miR-30a; hsa-miR-30b; hsa-miR-330-3p; hsa-miR-330-5p; hsa-miR-342-3p; hsa-miR-384; hsa-miR-409-5p; hsa-miR-454; hsa-miR-455-5p; hsa-miR-485-3p
hsa - mir - 485 - 5 - p;hsa - mir - 487 a;hsa - mir - 519 a;hsa - mir - 519 - b - 3 - p;hsa - mir - 519 - c - 3 - p;hsa - mir - 519 d;hsa - mir - 519 e;hsa - mir - 520 d - 3 - p;hsa - mir - 520 g;hsa - mir - 520 h; hsa-miR-539; hsa-miR-543; hsa-miR-548a-3p; hsa-miR-559; hsa-miR-561; hsa-miR-563; hsa-miR-579; hsa-miR-580; hsa-miR-582-5p; hsa-miR-589; hsa-miR-613; hsa-miR-617; hsa-miR-620; hsa-miR-624; hsa-miR-767-5p; hsa-miR-885-3p; hsa-miR-891b; hsa-miR-93		 CDC5L;RFX1
IL22 hsa-miR-1;hsa - mir - 127 - 5 - p;hsa - mir - 135 b;hsa - mir - 203;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 335;hsa - mir - 340;hsa - mir - 409 - 3 - p;hsa - mir - 422 a; hsa-miR-433; hsa-miR-493; hsa-miR-548b-5p; hsa-miR-548d-5p; hsa-miR-562; hsa-miR-579; hsa-miR-875-3p; hsa-miR-935; hsa-miR-944 BPTF;GATA1;真沸點
IL20 hsa - mir - 103;hsa - mir - 107;hsa - mir - 151 - 3 - p;hsa - mir - 153;hsa - mir - 154;hsa-miR-15a;hsa-miR-15b;hsa-miR-16;hsa - mir - 195;hsa-miR-19a; hsa-miR-19b; hsa-miR-26a; hsa-miR-26b; hsa-miR-300; hsa-miR-301a; hsa-miR-301b; hsa-miR-331-3p; hsa-miR-338-3p; hsa-miR-381; hsa-miR-424; hsa-miR-491-3p; hsa-miR-497; hsa-miR-499-5p; hsa-miR-503; hsa-miR-518a-5p; hsa-miR-532-5p; hsa-miR-548c-3p
hsa - mir - 551 a;hsa - mir - 551 b;hsa - mir - 561;hsa - mir - 568;hsa - mir - 590 - 5 - p;hsa - mir - 616;hsa - mir - 634;hsa - mir - 655;hsa - mir - 659;hsa-miR-7; hsa-miR-876-3p; hsa-miR-936		 CTCF
IL36G hsa - mir - 143;hsa - mir - 208 b;hsa-miR-22;hsa-miR-29a;hsa-miR-29b;hsa-miR-29c;hsa - mir - 548 - c - 5 - p 零
CASP5 零 馬克思;POU2F1
USF1 零 USF1

表2:銀屑病相關基因、miRNAs和轉錄因子(自下而上方法)

此外，采用自底向上方法對基因、miRNAs和蛋白質進行網絡分析，詳細的統計方法如下。

自下而上方法的網絡分析(Cytohubba)

采用不同的統計方法(度、邊緣滲透分量、最大鄰域分量、最大鄰域分量密度、最大團中心性和六個中心性的瓶頸、Ec中心性、親疏性、徑向性、中間性和應力)對自上而下方法中的基因及其調控因子進行分析，確定其連通性。

在自下而上的MCC分析中，ERBB4、GDA、GRIN2A的排名分別為1 ~ 3。然後;RORC、KCNK10排在4位，IL20、WIF1、FREM2、ACTC1、TGM1分別排在6 ~ 10位。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖1)。

圖1:自下而上方法中基因和調控因子的MCC分析(Cytohubba)

基於自底向上方法的DMNC分析hsa-miR130a、hsa-miR-130b、ETS1、MAX、ESR1、TGM1、ETV4、AR、HOXA7和MXI1::CLEC5A排名第一(圖2)。

圖2:自下而上方法中基因和調控因子的DMNC分析(Cytohubba)

在自下而上方法的MNC分析中，hsa-miR130a、hsa-miR-130b、ETS1、MAX、ESR1、TGM1、ETV4、AR、HOXA7和MXI1::CLEC5A排名第一(圖3)。

圖3:自下而上方法中基因和調控因子的MNC分析(Cytohubba)

在自底向上方法的度分析中;ERBB4、GDA和GRIN2A的排名分別為1 ~ 3。RORC和KCNK10排名第4。進一步;IL20和WIF1分別排名第6和第7。最後;FREM2和ACTC1排名第8,TGM1排名第10。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖4)。

圖4:學位自下而上方法(Cytohubba)中的基因和調控因子分析

自底向上方法中的EPC分析;ERBB4、GDA、CTCF、FREM2、WIF1、KCNK10、ACTC1、GRIN2A、RORC和IL20的排序分別為1 ~ 10。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖5)。

圖5:自下而上方法中基因和調控因子的EPC分析(Cytohubba)

自底向上方法的瓶頸分析GDA、IL20、TGM1和KCNK10的排名分別為1 ~ 4。其次是ERBB4和ZC3H12A。CTCF和TYMP分別排在第7和第8位。最後，GRIN2A和RORC排在第9位(圖6)。

圖6:自下而上方法中基因和調控因子的瓶頸分析(Cytohubba)

在自底向上方法的偏心分析中，RORC排名第1,CTCF、WIF1、hsa-miR-137 hsamiR-144、hsa-miR-200b、hsa-miR-200c、hsa-miR-29a、hsamiR-29b和hsa-miR-29c排名第2。RORC參與與銀屑病相關的炎症途徑(圖7)。

圖7:自下而上方法(Cytohubba)中基因和調控因子的偏心分析

自下而上方法的親和度分析中，ERBB4、CTCF、GDA、RORC、GRIN2A、FREM2、KCNK10、WIF1、IL20和ACTC1的排序分別為1 ~ 10。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖8)。

圖8:自下而上方法(Cytohubba)中基因與調控因子的親和性分析

在自底向上方法的徑向度分析中，CTCF、ERBB4和RORC的排名分別為1 ~ 3。然後;FREM2和DGA排名第4。進一步;GRIN2A、WIF1、WFDC3、ACTC1和IL20的排名在6 ~ 10之間。CTCF與銀屑病相關，因為它激活了B淋巴細胞的分化(圖9)。

圖9:自下而上方法(Cytohubba)中基因和調控因子的輻射性分析

基於自底向上方法的中介性分析ERBB4、GDA、CTCF、RORC、GRIN2A、IL20、KCNK10、FREM2、ACTC1和WIF1的排序分別為1 ~ 10。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖10)。

圖10:自下而上方法(Cytohubba)中基因和調控因子的中介性分析

基於自下而上方法的應力分析ERBB4、GDA、CTCF、GRIN2A、RORC、KCNK10、WFDC3、WIF1、ACTC1和IL20的排序為1 ~ 10。ERBB4信號通路參與銀屑病的病理過程(圖11)。

圖11:自下而上方法(Cytohubba)中基因和調控因子的應激分析

在自底向上方法WIF1的聚類係數分析中，CTCF、CUX1、hsa-miR-127-5p、hsa-miR129-5p、hsa-miR-137、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsamiR-15a和hsa-miR-15b排名第一。WIF1與銀屑病相關，因為它下調了病變中的WNT蛋白(圖12)。

圖12:自下而上方法(Cytohubba)中基因和調控因子的聚類分析

在自下而上方法的整體網絡分析中，我們檢索到25個銀屑病潛在調控因子[20個轉錄因子(MTHFR、AHR、ARNT、CUX1、E2F1、EP300、VDR、GSTP1、MAX、CYP1A2、ABCC1、HLA-B、MYC、SLC19A1、TYMS、JUN、CREB1、STAT1、YY1和USF1)和5個miRNAs (hsamiR-103、hsa-miR-107、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-138和hsa-miR-24)](表3)。

排名 自底向上方法中調節器最短路徑的分析方法(Cytohubba)
世紀挑戰集團 DMNC 跨國公司 學位 EPC 瓶頸 偏心 親密 Radiality 中間狀態 壓力 聚類係數
1 ERBB4 hsa - mir - 130 a hsa - mir - 130 a ERBB4 ERBB4 GDA RORC ERBB4 CTCF ERBB4 ERBB4 WIF1
CTCF
CUX1
hsa - mir - 127 - 5 - p
hsa - mir - 129 - 5 - p
hsa - mir - 137
hsa - mir - 140 - 3 - p
hsa - mir - 144
hsa-miR-15a
hsa-miR-15b
hsa - mir - 130 b
hsa - mir - 130 b
ETS1
馬克斯
零 ETS1
ESR1 馬克斯
TGM1 ESR1
ETV4 TGM1
基於“增大化現實”技術 ETV4
HOXA7 基於“增大化現實”技術
MXI1: CLEC5A HOXA7
零 MXI1: CLEC5A
2 GDA 零 零 GDA GDA IL20 CTCF CTCF ERBB4 GDA GDA 零
WIF1
hsa - mir - 137
hsa - mir - 144
hsa - mir - 200 b
hsa - mir - 200 c
hsa-miR-29a
hsa-miR-29b
hsa-miR-29c
3. GRIN2A 零 零 GRIN2A CTCF TGM1 零 GDA RORC CTCF CTCF 零
4 RORC 零 零 RORC FREM2 KCNK10 零 RORC FREM2 RORC GRIN2A 零
KCNK10 KCNK10 DGA
5 零 零 零 零 WIF1 ERBB4 零 GRIN2A 零 GRIN2A RORC 零
ZC3H12A
6 IL20 零 零 IL20 KCNK10 零 零 FREM2 GRIN2A IL20 KCNK10 零
7 WIF1 零 零 WIF1 ACTC1 CTCF 零 KCNK10 WIF1 KCNK10 WFDC3 零
TYMP
8 FREM2 零 零 FREM2 GRIN2A 零 零 WIF1 WFDC3 FREM2 WIF1 零
ACTC1
9 ACTC1 零 零 零 RORC GRIN2A 零 IL20 ACTC1 ACTC1 ACTC1 零
RORC
10 TGM1 零 零 TGM1 IL20 零 零 ACTC1 IL20 WIF1 IL20 零

表3:網絡分析(自底向上方法)

結論

自下而上方法的整體網絡分析結果確定了25個銀屑病的潛在調控因子[20個轉錄因子(MTHFR, AHR, ARNT, CUX1, E2F1, EP300, VDR, GSTP1, MAX, CYP1A2, ABCC1, HLA-B, MYC, SLC19A1, TYMS, JUN, CREB1, STAT1, YY1和USF1)和5個miRNAs (hsa-miR-103, hsa-miR-107, hsa-miR-125a-3p, hsa-miR-138和hsa-miR-24)]。在注釋分析中，很明顯，這些調控因子在銀屑病相關的通路(凋亡信號通路、CCKR信號通路、促性腺激素釋放激素受體通路、白介素信號通路、JAK/STAT信號通路、氧化應激反應和PDGF信號通路)中起著至關重要的作用，這一點在Pubmed的文本挖掘研究中也很明顯;hasmiR-103和has-miR-107與CDK5R1的3 ' UTR區相關，hsa-miR-125a-3p與炎症性皮膚的臨床意義相關，hsa-miR-138負責抑製銀屑病RUNX3的表達，但迄今為止，Pubmed尚無hsa-miR-24在銀屑病中的作用的實驗證據。在生物學背景下，銀屑病潛在調控因子成為銀屑病潛在生物標誌物的可能性最大，自下而上的比較網絡分析與直接方法的模式一致，說明這些潛在調控因子在未來被考慮治療銀屑病的可能性最大。


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條信息

文章類型:研究文章

引用:Anandaram H(2017)基於表達的銀屑病調控的計算分析:一種了解疾病病理和預測潛在調控因子的係統生物學方法。J Sys Biol Res 1(1): dx.doi.org/10.16966/jsbr.101

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出版的曆史:

  • 收到日期:2017年10月10日

  • 接受日期:2017年11月22日,

  • 發表日期:2017年11月28日,