圖1:cobas®HIV-1檢測500和200 L樣品容量的線性
全文
Pirmin Loetscher1斯蒂芬妮坦普勒1布麗塔一起創造Seiverth1埃德•馬林2基督教西蒙2羅伯特•羅2 *
1羅氏國際診斷有限公司，瑞士羅克魯茲2羅氏分子係統公司，普萊森頓，美國
*通訊作者:Robert Luo，醫學博士，公共衛生碩士，羅氏分子係統公司，4300 Hacienda Drive, ca94588 USA電話:+ 1 (925) 730 - 8762;傳真:+ 1 (925) 225 - 0875;電子郵件:robert.luo.rl1@roche.com
背景和目的:建議對所有接受抗逆轉錄病毒治療的患者進行艾滋病毒載量檢測。隨著病毒載量檢測在全球範圍內不斷擴大，需要支持高通量檢測的高敏感性和特異性艾滋病毒載量檢測，以提供及時和準確的結果。我們評估了新產品的性能特點cobas®HIV-1測試cobas®係統(6800/8800cobas®HIV-1)，並評估與參考標準的臨床相關性cobas®AmpliPrep /cobas®TaqMan®HIV-1檢測2.0版本(TaqMan®hiv - 1 v2.0)。
方法:檢測限(LoD)、線性度、精密度、分析特異性、診斷敏感性和特異性cobas®進行HIV-1檢測。該方法與TaqMan比較®采用Deming回歸和Bland-Altman圖分析對HIV-1 v2.0進行評估，並采用配對t檢驗計算兩種檢測方法的配對病毒載量差的平均值。
結果:的cobas®HIV-1檢測顯示，HIV-1 M亞型B的LoD為13.2 copies/mL，其他HIV-1亞型的LoD相似，線性範圍為13 ~ 1.73 × 107 copies/mL。該方法精密度高，SD為0.05 ~ 0.12 log10在線性範圍內。臨床標本診斷敏感性為99.25%，特異性為100%。cobas®HIV-1與TaqMan具有極好的相關性®HIV-1 v2.0 (R2 =0.98)。兩種測試之間的總體一致性百分比也很高(95%)，臨界值為50和200拷貝/毫升。
結論:的cobas®HIV-1檢測是一種高靈敏度和特異性的病毒載量監測方法，與TaqMan相比，該方法提高了檢測限度，減少了樣本量，提高了吞吐量®hiv - 1版本。這部小說cobas®HIV檢測與fda批準的TaqMan有極好的相關性®hiv - 1版本測試。
Cobas®hiv - 1測試;Cobas®6800/8800;hiv - 1病毒載量;TaqMan®hiv - 1版本
2013年7月，世界衛生組織建議對所有接受抗逆轉錄病毒療法[1]的患者進行艾滋病毒載量檢測。根據這一建議，聯合國艾滋病規劃署發布了2020年的新目標，即90%的艾滋病毒感染者知道自己的狀況，90%的艾滋病毒確診患者正在接受抗逆轉錄病毒治療，90%的接受治療的患者已抑製病毒載量[2]。除了治療監測外，病毒載量檢測也被廣泛用於評估新診斷的患者，為治療決策提供信息，並指導感染艾滋病毒的孕婦的管理，以防止母嬰傳播[3-5]。目前全球約有3700萬至3900萬艾滋病毒攜帶者[6,7]，因此需要精確、可靠並能夠進行高通量檢測的定量病毒載量檢測，以幫助實現這些雄心勃勃的目標並結束艾滋病流行。
的cobas®HIV-1測試用於cobas®係統(6800/8800cobas®HIV-1檢測)是由羅氏分子係統公司(Pleasanton, CA)開發的。這是一種體外核酸定量檢測，采用雙靶點方法同時擴增和檢測HIV-1基因組的gag和ltr區域，這是COBAS首次用於病毒載量監測®AmpliPrep /COBAS®TaqMan®HIV-1, v2.0檢測(TaqMan®hiv - 1 v2.0)(8 - 10)。測試運行在cobas®6800和8800係統，分別可在8小時輪班中全自動檢測多達384個樣品和960個樣品，每個患者需要650µL的血漿，其中500µL為進一步加工[11]。本研究的目的是評估cobas®HIV-1檢測在hiv感染者血漿中HIV-1病毒載量檢測和定量方麵的性能特征，並比較用cobas®HIV-1檢測檢測的臨床標本的結果與用TaqMan獲得的結果®HIV-1 v2.0作為參考標準。此外，還比較了cobas®HIV-1檢測在不同樣品輸入體積(200 μ L和500 μ L)、係統(cobas®6800和cobas®8800)和管(帶和不帶凝膠分離器)。
檢測極限
的檢測限(LoD)cobas®HIV-1檢測是通過對2ndHIV-1型世界衛生組織國際標準(第二世衛組織- is, NIBSC代碼:97/650;DH- 268-057C, HIV-1 M組B亞型)[12]在陰性聚乙二胺四乙酸(EDTA)血漿中。為每個工藝輸入體積(200 μ L和500 μ L)準備了3個獨立稀釋係列，包括5個濃度水平和一個空白，每個水平獲得63個重複，在3天內使用多個試劑批次、係統和操作人員進行測試。對得到的數據進行分析，確定PROBIT值和95%的命中率。對以下HIV-1亞型的LoD也進行了驗證:M組A亞型、C亞型、D亞型、F亞型、G亞型、H亞型、CRF01_ AE和CRF02_AG、O亞型和N組，使用單個亞型中間原液在HIV-1陰性EDTA血漿中連續稀釋，為每個輸入量製備3個濃度水平的檢測板。
線性
用高滴度HIV-1 M組B亞型細胞培養上清製備了一個線性麵板，500µL樣品輸入容量為12個麵板成員，200µL樣品輸入容量為11個麵板成員。在12天內，由3名操作人員使用3個試劑批次和3台儀器對每個樣品的每個濃度水平進行48個重複測試。計算所有滴度並轉換成對數10效價。通過比較線性擬合預測值與最佳擬合高階模型預測值的偏差(根據2nd和3理查德·道金斯根據臨床與實驗室標準協會(CLSI)指南EP06-A[13]中定義的方法學，在每個測量的濃度水平上進行排序效應)。要求線性回歸與擬合較好的非線性回歸之間的最大偏差≤0.2 log10對於兩個樣本輸入體積。使用7個成員稀釋板，從HIV-1組M亞型a、C、D、F、G、H、CRF01- AE、CRF02-AG、HIV-1組N、HIV-1組o的細胞培養上清液中，也驗證了聲稱的線性範圍，使用兩個試劑批次在14個重複中對細胞培養株稀釋到約20拷貝/mL到1.00E+07拷貝/mL進行測試。
精度
使用8人序列稀釋板對HIV-1組M亞型B細胞培養上清液(MVP899)進行線性研究，濃度水平從15拷貝/mL到2.0E+07拷貝/mL(名義效價)計算分析精度。每個試驗板在3個試劑批次中進行16個重複試驗，每個試驗板的每個濃度水平共48個重複。3名操作人員使用3台儀器對麵板進行了12天的測試。精度計算依據CLSI指南EP5-A2[14]。
特異性
的分析特異性cobas®通過檢測與23種不同微生物的交叉反應性來評價HIV-1試驗。通過將含有潛在內源性幹擾物的HIV-1陰性EDTA血漿樣本、45種可用於HIV-1感染患者的市售藥物和診斷為自身免疫綜合征陽性的臨床樣本進行幹擾分析。
臨床特異性是通過測試600個HIV陰性的EDTA血漿樣本從個人捐贈者使用兩個批次cobas®hiv - 1試劑。
靈敏度
265例未鑒定的HIV-1感染患者的血漿樣本在TaqMan上檢測到HIV-1滴度®HIV-1 v2.0檢測使用了兩批cobas®hiv - 1試劑。
臨床方法比較分析
的cobas®HIV-1測試cobas®6800係統(cobas®6800 HIV- 1檢測)通過檢測EDTA血漿中的冷凍樣品(額定病毒載量≥20拷貝/mL)進行評估，病毒載量在測試的線性範圍內，並將獲得的結果與TaqMan獲得的結果進行比較®使用CLSI EP09-A2[15]發表的指南進行HIV-1 v2.0檢測。的samples were from HIV-1 infected patients and were collected under site-specific Institutional Review Board approved documents for each site.
所有測試都按照各自包裝說明書中描述的製造商說明進行[16,17]。結果以拷貝/毫升為單位報告，可追溯至世衛組織2nd國際標準HIV-1 RNA (NIBSC 97/650)[12]，一個國際單位(IU)/mL相當於0.6拷貝/mLcobas®hiv - 1。
所有分析均使用SAS®軟件(SAS/STAT軟件，9.3版本，SAS Institute Inc.)進行。Cary，北卡羅來納州，美國)使用a) Deming回歸分析和b)散點圖和brandaltman圖進行比較。的平均配對差cobas®HIV-1檢測和TaqMan®HIV-1 v2.0在醫學相關閾值和相關的95%置信區間(CI)使用配對t檢驗計算。
配對間的一致性分析cobas®6800 HIV-1檢測結果和TaqMan®HIV-1 v2.0結果也進行了評估。兩種測定方法之間的總體一致性百分比(OPA)與臨界值(使用McNemar 's檢驗計算)一起計算:200拷貝/mL和50拷貝/mL。
樣品輸入體積、係統和管道的比較
計算得到的病毒載量滴度從配對標本用於臨床方法比較分析cobas®hiv -1在兩種樣品輸入體積(200 μ L和500 μ L)之間進行比較，cobas®6800和cobas®8800)，以及管(帶凝膠分離器的等離子製備管[PPT]和不帶凝膠分離器的傳統EDTA等離子管)。使用配對t檢驗計算每次比較的平均配對差異和相關95% ci。
交叉汙染
交叉汙染率cobas®6800通過檢測240個HIV陰性人edta血漿樣本和225個高滴度HIV-1樣本(4.00E+06拷貝/mL)的重複檢測確定HIV-1檢測。總共進行了5次測試，以棋盤式配置的陽性和陰性樣本進行測試。
檢測極限
LoD是指cobas®通過PROBIT分析HIV檢測，500µL樣品輸入量為13.2拷貝/mL (22.0 IU/mL)， 200µL樣品輸入量為35.5拷貝/mL (59.2 IU/mL)(表1)。每個批次的數據一致，500µL樣品輸入量為11.4 ~ 15.9拷貝/mL, 200µL樣品輸入量為30.8 ~ 43.2拷貝/mL。
體積 |
命中率≥95% |
95% LoD PROBIT |
95%置信下限 |
95%置信上限 |
500µL |
20.0拷貝/毫升 |
13.2拷貝/毫升 |
11.4拷貝/毫升 |
15.9拷貝/毫升 |
33.3國際單位/毫升 |
22.0國際單位/毫升 |
19.0國際單位/毫升 |
26.5國際單位/毫升 |
|
200µL |
50.0拷貝/毫升 |
35.5拷貝/毫升 |
30.8拷貝/毫升 |
43.2拷貝/毫升 |
83.3國際單位/毫升 |
59.2國際單位/毫升 |
51.3國際單位/毫升 |
72.0國際單位/毫升 |
表格1：用cobas®HIV-1檢測，HIV-1 M亞型B組輸入容量為500 μ L和200 μ L的EDTA血漿LoD的總結
EDTA:乙二胺四乙酸;艾滋病毒:人體免疫缺陷病毒;LoD:檢測極限在500 μ L和200 μ L樣本輸入容量的EDTA血漿中，所有其他HIV-1亞型的LoD相似(表2)。命中率分析顯示，在20拷貝/mL時，所有M組亞型和N組亞型的陽性率都大於95%。對於O組，20拷貝/mL時的95% CI包括95%，這表明90.5%的觀察命中率與95%的命中率之間沒有統計學上的顯著差異。
基因型 |
濃縮的。水平 |
500µL |
200µL |
||
打擊率 |
95%可信區間 |
打擊率 |
95%可信區間 |
||
HIV-1M一 |
0.5×LoD |
93.7% |
84.5%、98.2% |
85.7% |
74.6%、93.3% |
1.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
95.2% |
86.7%、99.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1M C |
0.5×LoD |
81.0% |
69.1%、89.8% |
79.4% |
67.3%、88.5% |
1.0×LoD |
96.8% |
89.0% - 99.6% |
98.4% |
91.5%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1M D |
0.5×LoD |
76.2% |
63.8%、86.0% |
81.0% |
69.1%、89.8% |
1.0×LoD |
96.8% |
88.8%、99.6% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1M F |
0.5×LoD |
93.7% |
84.5%、98.2% |
88.9% |
78.4%、95.4% |
1.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
98.4% |
91.5%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1M G |
0.5×LoD |
85.7% |
74.6%、93.3% |
82.5% |
70.9%、90.9% |
1.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
98.4% |
91.5%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1M H |
0.5×LoD |
82.5% |
70.9%、90.9% |
96.8% |
89.0%、99.6% |
1.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
CRF01_AE |
0.5×LoD |
82.5% |
70.9%、90.9% |
84.1% |
72.7%、92.1% |
1.0×LoD |
98.4% |
91.5%、100.0% |
90.5% |
80.4%、96.4% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
CRF02_AG |
0.5×LoD |
88.9% |
78.4%、95.4% |
77.8% |
65.5%、87.3% |
1.0×LoD |
98.4% |
91.5%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1O |
0.5×LoD |
77.8% |
65.5%、87.3% |
69.8% |
57.0%、80.8% |
1.0×LoD |
90.5% |
80.4%、96.4% |
88.9% |
78.4%、95.4% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
HIV-1N |
0.5×LoD |
90.5% |
80.4%、96.4% |
87.3% |
76.5%、94.4% |
1.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
2.0×LoD |
100．0% |
94.3%、100.0% |
100．0% |
94.3%、100.0% |
|
表2:使用cobas®HIV-1測試對500 μ L和200 μ L樣品輸入體積的HIV-1亞型的命中率總結
當測試的任何一個關卡的命中率，以及以上所有測試的關卡的命中率等於或大於90.5% (n=63)或90.3% (n=62)時，每個子類型都滿足接受標準。
置信區間:置信區間;濃縮的濃度;艾滋病毒:人體免疫缺陷病毒;LoD:檢測極限。
線性
的線性範圍cobas®HIV-1檢測為13 ~ 1.73E+07拷貝/ mL (log10500µL工藝輸入體積為1.11 ~ 7.24)，200µL工藝輸入體積為43.4 ~ 1.73E+07拷貝/mL。聲稱的線性測試範圍是20到1.0E + 07拷貝/毫升(log101.30-7.00)與500 μ L工藝輸入體積。線性回歸與擬合較好的非線性回歸之間的最大偏差≤0.2 log10．在整個線性範圍內，測試的準確性在±0.20 log內10(圖1)。對於其他子類型也一樣，線性回歸與擬合較好的非線性回歸之間的最大偏差等於或小於0.2 log10．
測定了兩個樣品輸入體積的定量限等於定量限。
精度
總精度估計為log的標準差(SD)10在所有批次中滴度具有可比性，在兩個輸入體積(200 μ L和500 μ L)中均可複製。的cobas®HIV-1檢測精度高;日誌的池SD10滴度在±0.12 log以內10濃度範圍為86.7拷貝/mL至8.67E+06拷貝/mL，輸入容量為500µL(表3)，範圍為±0.08 log10200 μ L輸入量的濃度範圍為8.67E+03拷貝/mL到8.67E+06拷貝/mL(表3)。方差分量分析顯示，當天和運行內的500 μ L輸入量和試劑盒批次以及運行內的200 μ L輸入量對總精度方差的貢獻最大。
小組成員 |
分配濃度 |
平均觀測值(對數效價) |
總計精度如SD (log) |
彙集SD |
||||
冠捷很多2 |
冠捷很多3 |
冠捷很多1 |
冠捷很多2 |
冠捷很多3 |
||||
A. 500 μ L輸入體積 |
||||||||
PM02 |
8.67 e + 06 |
6.92 |
6.92 |
6.91 |
0.04 |
0.06 |
0.03 |
0.05 |
PM03 |
8.67 e + 05 |
6.00 |
5.97 |
5.98 |
0.06 |
0.05 |
0.04 |
0.05 |
PM04 |
8.67 e + 04 |
4.97 |
4.95 |
4.92 |
0.05 |
0.07 |
0.04 |
0.05 |
PM05 |
8.67 e + 03 |
3.94 |
3.90 |
3.88 |
0.06 |
0.06 |
0.04 |
0.05 |
PM06 |
8.67 e + 02 |
2.91 |
2.87 |
2.85 |
0.07 |
0.06 |
0.07 |
0.07 |
PM07 |
3.47 e + 02 |
2.47 |
2.47 |
2.44 |
0.09 |
0．10 |
0.09 |
0.09 |
PM08 |
1.73 e + 02 |
2.20 |
2.19 |
2.16 |
0.11 |
0.08 |
0.14 |
0.11 |
PM09 |
8.67 e + 01 |
1.92 |
1.92 |
1.92 |
0.15 |
0.11 |
0．10 |
0.12 |
B. 200 μ L輸入體積 |
||||||||
PM02 |
8.67 e + 06 |
7.09 |
7.03 |
7.04 |
0.04 |
0.05 |
0.04 |
0.04 |
PM03 |
8.67 e + 05 |
6.12 |
6.06 |
6.07 |
0.07 |
0.05 |
0.05 |
0.06 |
PM04 |
8.67 e + 04 |
5.09 |
5.07 |
5.04 |
0.07 |
0.07 |
0.06 |
0.07 |
PM05 |
8.67 e + 03 |
4.04 |
4.00 |
3.96 |
0.08 |
0.08 |
0.06 |
0.08 |
PM06 |
8.67 e + 02 |
3.03 |
2.95 |
2.91 |
0.12 |
0.12 |
0.08 |
0.11 |
PM07 |
3.47 e + 02 |
2.64 |
2.57 |
2.51 |
0.11 |
0.13 |
0.09 |
0.11 |
PM08 |
1.73 e + 02 |
2.30 |
2.29 |
2.26 |
0.20 |
0.12 |
0.15 |
0.16 |
表3:cobas®HIV-1檢測的log10效價結果的總精度總結
下午:小組成員;SD:標準差;冠捷科技:技術性能驗證
特異性
所有600個臨床血漿樣本的HIV-1 RNA檢測均為陰性，診斷特異性為100%(單側下95% CI:≥99.5%)。通過以1.00E+0.6粒子、拷貝數、IU、基因組等量物或菌落形成單位/mL檢測28個培養的微生物，評估分析特異性，其中包括25個病毒分離株。所有無HIV-1 RNA的樣品均得到陰性結果，所有有HIV-1 RNA的樣品均得到陽性結果。HIV-1陽性樣本的平均log10滴度均在±0.16 log範圍內10平均對數10含相同數量HIV-1 RNA但不含微生物的加標對照組的滴度。在醫學相關濃度下進行測試時，常見的內源性和外源性幹擾都不會幹擾cobas的性能®hiv - 1測試。觀測對數的平均差10HIV- 1陽性標記樣本的滴度達到平均對數10各穗狀對照的效價在±0.30 log以內10．
靈敏度
在265份HIV-1臨床樣本中，263份獲得了有效的定量結果，靈敏度為99.25%。進行了額外的外部驗證研究，以評估臨床樣本在外部部位的敏感性。對剩餘的109份HIV-1患者血漿樣本進行了檢測，所有樣本均獲得陽性有效結果，靈敏度為100%(109/109)。
臨床方法比較分析
在納入研究的410名受試者中，所有受試者都有資格進行一致性分析，305名受試者有重疊的線性範圍用於比較cobas®6800 HIV-1檢測和TaqMan®hiv - 1版本測試。
表4為入選患者的人口學和臨床特征總結。平均年齡41.8歲，以男性為主(78.3%)。入選患者中最常見的HIV-1亞型為B亞型(52.2%)。
特征 |
所有的病人(N = 410) |
年齡(年) |
|
意思是(SD) |
41.8 (11) |
中位數 |
43 |
範圍 |
19 - 72 |
性別 |
|
男性 |
321例(78.3%) |
女 |
89例(21.7%) |
比賽 |
|
亞洲 |
5 (1.2%) |
黑色的 |
163例(39.8%) |
拉丁美洲人 |
17 (4.1%) |
白色 |
94例(22.9%) |
其他 |
91例(22.2%) |
未知的 |
40 (9.8%) |
艾滋病病毒亞型 |
|
一個 |
4 (1.0%) |
B |
214例(52.2%) |
C |
2 (0.5%) |
D |
7 (1.7%) |
G |
2 (0.5%) |
N |
5 (1.2%) |
CRF01_AE |
4 (1.0%) |
桶 |
1 (0.2%) |
CRF02_AG |
2 (0.5%) |
未知的 |
169例(41.2%) |
抗病毒藥物治療 |
|
是的 |
208例(50.7%) |
沒有 |
137例(33.4%) |
未知的 |
65例(15.9%) |
CD4細胞計數(細胞/µL) |
|
N |
391 |
意思是(SD) |
438.1 (267.7) |
中位數 |
401 |
範圍 |
0到1548 |
CD8細胞數(細胞/µL) |
|
N |
283 |
意思是(SD) |
924.4 (451.2) |
中位數 |
838 |
範圍 |
150年到2446年 |
表4:對入選患者的人口學及臨床特征進行臨床方法比較分析
艾滋病毒:人體免疫缺陷病毒;SD:標準差。
Deming回歸分析顯示相關性高(R2=0.98[截距的95% CI: -0.180 ~ -0.014，斜率的95% CI: 1.036 ~ 1.075])cobas®6800個HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0測試在重疊的線性範圍內(圖2和表5)。繪製時，大多數點在統一線(Y=X)以上，表明cobas®6800 HIV-1檢測的效價高於TaqMan®HIV-1 v2.0(圖2)。
圖2:cobas®6800 HIV-1檢測與TaqMan®HIV-1 v2.0, EDTA血漿樣品的Deming回歸分析(log10拷貝/mL)
置信區間:置信區間
配對樣本數= 305 |
||||
參數 |
參數估計 |
標準錯誤 |
95%可信區間 |
R2 |
攔截 |
-0.097 |
0.042 |
-0.180到-0.014 |
0.98 |
坡 |
1.055 |
0.010 |
1.036到1.075 |
|
表5:cobas®6800 HIV-1檢測病毒載量與TaqMan®HIV-1 v2.0之間的Deming回歸參數估計
注意:使用cobas®6800測試的樣品收集在EDTA等離子管中，並使用500 μ L的樣品輸入體積進行測試。本表僅包含兩種測定方法的重疊線性範圍內(2.0 E+01 ~ 1.0 E+07 copies/mL)的成對結果CI:置信區間。
配對病毒載量差的平均值cobas®6800 HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0檢測結果在整個線性範圍內為0.112 log10拷貝數/ml(表6)10滴度≤0.101 log10拷貝數/毫升在幾乎所有醫學相關決策區間差異為0.222 log10拷貝數/mL≥100,000拷貝數/mL(表6)。
圖3顯示了病毒載量差異的偏倚圖cobas®6800 HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0 (y軸)vs taqman®HIV-1 v2.0病毒載量(x軸)。大多數差異大於零，表明cobas®6800結果返回的滴度高於onTaqMan®hiv - 1版本。
圖3:cobas®HIV-1 6800檢測和TaqMan®HIV-1 v2.0 vs TaqMan®HIV-1 v2.0病毒載量差異偏置圖(log10 copies/mL)
圖4顯示了病毒載量差異的Bland-Altman圖cobas®6800 HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0 (y軸)與cobas®6800 HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0病毒載量(x軸)。大多數數據點在±0.5 log的閾值之間10拷貝數/毫升在線性範圍內。
圖4:cobas®HIV-1 6800測試和TaqMan®HIV-1 v2.0之間的病毒載量差異與平均病毒載量的Bland-Altman偏倚圖(log10拷貝/毫升)
置信區間:置信區間
兩者之間的一致性分析cobas®6800 HIV-1和TaqMan®HIV-1 v2.0檢測表明，在200拷貝/mL的截止點，OPA為96.8% (397/410;95% CI: 94.6% ~ 98.3%)，在50拷貝/mL的截止值為95.4% (391/410;95% CI: 92.9% ~ 97.2%)(表7)cobas®6800與TaqMan的差異無統計學意義®HIV-1 v2.0 (p值=0.581)。然而，cobas上<50 copies/mL結果的比例有統計學上的顯著差異®6800年,TaqMan®hiv - 1 v2.0 (p = 0.0192)。
樣品輸入體積、係統和管道的比較
200 μ L和500 μ L樣品輸入體積測試樣品的病毒載量的平均差異為0.094 log10拷貝數/毫升(95% CI: 0.067 ~ 0.121)cobas®6800 HIV-1係統和0.080 log10拷貝數/毫升(95% CI: 0.056, 0.105)cobas®8800 hiv - 1係統。使用200 μ L的樣品輸入體積返回更高的滴度。
係統偏倚的估計是用配對病毒載量差的平均值計算的cobas®6800和8800係統對兩種樣品輸入容量都很低(200 μ L為0.011,95% CI為-0.014 ~ 0.036;500 μ L為-0.001,95% CI為-0.024 ~ 0.022)。
意思是日誌1042個配對樣品的滴度差為0.026 log10(95% CI -0.029 ~ 0.081 log10)．PPT中血漿樣品的效價高於EDTA等離子管中;結果表明，配對病毒載量均值的95% CI非常緊湊，包括“0”。
交叉汙染
所有240次陰性樣品重複均為陰性，交叉汙染率為0% (95% CI: 0% ~ 1.5%)。
的cobas®HIV-1檢測為精確、準確地測量HIV-1 RNA病毒載量提供了一種高度敏感和特異性的方法。與TaqMan相比，可以看到極好的相關性®HIV-1 v2.0檢測結果不受任何潛在的內源性或外源性幹擾物質的影響。
在PROBIT分析的基礎上，提出了該方法的可行性cobas®HIV-1顯著亞型(M組B亞型)的檢測結果為13.2拷貝/mL，樣品輸入容量為500 μ L。每個批次的數據一致，95%可信區間為11.4 ~ 15.9拷貝/mL (19.0 ~ 26.5 IU/mL)。這種新測試的LoD被確定為與TaqMan相當®HIV-1 v2.0(20.0拷貝/mL)，優於雅培Real測定的LoD時間HIV-1檢測(40 copies/mL)[19-21]。其他檢測的HIV-1亞型(HIV-1組M亞型A、C、D、F、G、H、CRF01-AE、CRF02-AG、HIV-1組N、HIV-1組O) lod與HIV-1亞型B相似。
在當前的分析中，cobas®HIV-1檢測的線性範圍較廣，為13拷貝/mL ~ 1.73 × 107HIV-1 M組B亞型物質的拷貝數/mL，可追溯至2nd國際標準。觀察到的線性範圍符合檢測的接受標準(20拷貝/mL到1 × 107拷貝/mL)，也與fda批準的其他分析(TaqMan)的線性範圍相當或更好®HIV-1 v2.0檢測:20拷貝/毫升至1 × 107拷貝/mL和Abbott RealTime HIV-1檢測:40拷貝/mL到1 × 107copies.mL)[22]。cobas的精確度®在三個cobas 6800儀器和三個試劑批次上計算了12天的HIV-1檢測結果，在濃度範圍86.7拷貝/mL到8.67 × 10的範圍內，池SD在0.05到0.10 log10滴度範圍內6拷貝/毫升。
的cobas®HIV-1檢測顯示出100%的診斷和分析特異性。在獲得的結果中，沒有來自23種潛在幹擾微生物、常見內源性物質和通常給HIV-1感染患者使用的藥物化合物的幹擾。因此，可以解釋該檢測不會因非特異性靶點擴增而產生假陽性結果，對HIV-1病毒血症具有高度特異性。的cobas®HIV-1檢測對100的靈敏度為99.25%。
的cobas®6800 HIV-1檢測與fda批準的高靈敏度和準確性TaqMan®HIV-1 v2.0檢測(參考標準)進行比較[23,24]。比較顯示兩種測定方法(R2=0.98)，平均配對病毒載量差為0.112 log10拷貝數/ mL (95% CI: 0.086, 0.137)。在50拷貝/mL和200拷貝/mL的臨界值下，兩種測試的一致性也很高，OPA>95%。兩種試驗結果<200拷貝/mL的比例差異無統計學意義(p值:NS)。將cobas®HIV-1檢測的性能與TaqMan進行比較®HIV-1 v2.0在另一項研究中通過檢測251份來自已知感染HIV-1患者的匹配血漿樣本以及16份稀釋的細胞培養上清。Deming回歸分析顯示R2值為0.98，樣品跨越兩種測定方法的線性範圍，並包含混合子類型[16]。在224個樣本中與Abbott RealTime HIV-1檢測進行了類似的比較。Deming回歸分析顯示R2值為0.97。這些結果表明，這三種測定方法具有相當的性能和可交換性。
配對病毒載量差的平均值cobas®HIV-1測試和TaqMan®HIV-1 v2.0在50至<200、200至<400和400至<1,000拷貝/毫升(-0.004至0.032 log)的醫學相關決策區間內甚至更小10拷貝數/mL)，所有95% ci都包含“0”。據觀察，200拷貝/毫升水平左右的結果是最關鍵的，以確定艾滋病毒感染患者在[3]治療期間是否經曆病毒學失敗。在目前的研究中，兩者之間沒有統計學上的顯著差異cobas®HIV-1測試和TaqMan®此級別的V2.0結果。
該研究還表明，來自2個不同樣本輸入體積(200 μ L與500 μ L)的成對病毒載量測量之間以及cobas®6800和8800係統之間沒有臨床顯著差異。
新cobas®HIV-1檢測隻需要650 μ L的血漿，而TaqMan上的樣品容量為1000 μ L®HIV-1 v2.0測試[25]。此外，薰衣草頂EDTA等離子管和BD PPT管都可以使用相同的結果，簡化了樣品收集和樣品運輸跨越許多設置。
隨著病毒載量檢測在未來幾年擴大到數百萬人，實驗室將需要高通量艾滋病毒載量檢測解決方案。的cobas®HIV-1測試在cobas®6800和8800係統，能夠在8小時輪班中分別測試多達384個樣品和960個樣品。平台的高吞吐量特性應該能夠實現更經濟有效的測試，每個樣本所需的工作人員時間更短。此外，該係統允許自動混合配料與其他分析，使實驗室進行各種分子測試的結果準確和及時。
總之,cobas®HIV-1檢測是一種最先進的分子檢測方法，它使用雙靶點方法來對抗嘔吐而且當你提供精確的、高通量的病毒載量監測，具有高度保守的遺傳靶點，不容易受到當前抗逆轉錄病毒療法的突變壓力。cobas®HIV-1檢測提供了一種高靈敏度和特異性的方法，以精確和準確的方式測量HIV-1 RNA病毒載量。與TaqMan相比，有很好的相關性®HIV-1 v2.0檢測結果不受任何潛在的內源性或外源性幹擾物質的影響。總的來說,這部小說cobas®hiv - 1測試cobas®6800/8800係統提供了改進的性能特點，可為HIV的臨床管理提供重要工具。
該研究得到了羅氏分子係統公司的支持。所有作者均為Roche的員工。的cobas®HIV-1並非在所有市場上都能買到。
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文章類型:研究文章
引用:Loetscher P, Templer S, severth B, Marins E, Simon C等人(2017)Cobas®HIV-1的性能評估，一種用於Cobas®6800/8800係統的定量核酸檢測方法。J HIV艾滋病3(1):doi: http://dx.doi.org/10.16966/2380-5536.135
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