alexander-p-lyubartsev
Alexander P Lyubartsev博士
材料與環境化學教授

教育

1985

畢業於聖彼得堡列寧格勒國立大學

物理教師

1988

博士:聖彼得堡國立大學物理學專業

分子生物物理係

1993 - 1998

斯德哥爾摩大學博士後,

物理化學係

2002

斯德哥爾摩大學

講解員。物理化學

傳記

Alexander Lyubartsev於1985年畢業於俄羅斯聖彼得堡國立大學物理係。1988年在該校分子生物物理係答辯博士論文。1988-1993年，他在聖彼得堡國立大學分子生物物理係擔任初級研究員。1993年加入斯德哥爾摩大學物理化學係，1993-2001年擔任博士後和研究員職務。2001年,一個。柳巴采夫獲得了瑞典研究委員會授予的高級科學家獎。自2007年起，A.Lyubartsev擔任斯德哥爾摩大學材料與環境化學係物理化學教授。

研究的興趣

分子模擬方法的發展及其在各種生物和材料係統建模中的應用研究。特別是自由能計算的擴展集成方法的發展，多尺度建模的逆蒙特卡羅方法，原子模擬的力場的發展。科學計算軟件開發。利用分子模擬研究脂質雙分子層的性質以及藥物相關分子與生物膜的相互作用研究靜電力在DNA結構中的作用和染色質中的DNA折疊，生物分子與無機表麵和納米顆粒結合的建模。最近的研究還擴展到使用分子模擬來深入了解毒性的分子機製。

科學活動:

任命
  • 2007年-斯德哥爾摩大學化學材料與環境學係物理化學教授
  • 2001-2007:瑞典研究委員會高級科學家，斯德哥爾摩大學物理化學係主任
  • 1999-2001年:斯德哥爾摩大學物理化學係研究員
  • 1988-1993年:聖彼得堡國立大學物理研究所初級研究員
獎項,獎學金
  • 1994年:Wenner-Gren基金會獎學金
  • 1996年:瑞典皇家科學院獎學金

出版物

1987

  1. P.N.Vorontsov-Velyaminov A.P.Lyubartsev。“DNA和其他多電解質理論中的蒙特卡洛和自洽場方法的結合”。Vestnik LGU(蘇聯列寧格勒)，v.4, p.13-19(1987年);在Rissian
  2. P.N.Vorontsov-Velyaminov A.P.Lyubartsev。聚電解質理論中的自洽場-蒙特卡羅方法。對稱多邊形離子靜電勢的計算”。Molekulyarnaya生物學(莫斯科)，vol .21, p.654-662 (1987);在Rissian(英格蘭。Transl: Molek。雜誌、v.21 p.545(1987)

1989

  1. P.N.Vorontsov-Velyaminov A.P.Lyubartsev。“蒙特卡洛-自洽場法在聚電解質理論中的應用”，《生物力學學報》，第7期。p.739 - 747 (1989)

1990

  1. A.P.Lyubartsev P.N.Vorontsov-Velyaminov。“柔性聚電解質的蒙特卡羅模擬”vysosokomolekulyarnye Soedineniya(莫斯科;， v.32A, p.721-726 (1990)
  2. A.P.Lyubartsev、V.P.Kurmi P.N.Vorontsov-Velyaminov。“蒙特卡洛-單價離子和二價離子與DNA相互作用的自洽場模擬”，Molekulyarnaya生物學(莫斯科)，v.24, p.1533-1540(1990年)(俄文)

1992

  1. 柳巴楚夫，馬丁諾夫斯基，舍甫庫諾夫，沃龍佐夫- velyaminov。自由能蒙特卡羅計算的新方法:擴展係綜法。J.Chem.Phys。，第96頁，第1776-1783頁(1992)。抽象和文本
  2. A.P.Lyubartsev、V.P.Kurmi P.N.Vorontsov-Velyaminov。離子環境的對稱性研究
  3. P.N.Vorontsov-Velyaminov A.P.Lyubartsev。“聚電解質對稱模型的蒙特卡洛自洽場研究”，分子模擬，第9期，p.285-306(1992)。

1993

  1. 柳巴楚夫，馬丁諾夫斯基，沃龍佐夫- velyaminov，庫茲涅佐夫娃。“用擴展係綜計算自由能的蒙特卡羅新方法”，羅斯。j .物理。化學，第67頁。230 - 235 (1993)
  2. 呂巴澤夫，王曉峰，王曉明，“N個相同費米子係統的量子統計中的路徑積分蒙特卡羅方法”，物理學報，vol .48(6)， pp.4075-4083 (1993)

1994

  1. A.P.Lyubartsev, a . Laaksonen P.N.Vorontsov-Velyaminov。用擴展係綜方法計算Lennard-Jones係統和水的自由能。蒙特卡洛和分子動力學模擬研究”。分子物理學報，vol . 42, pp.455-471 (1994

1995

  1. l . Nordenskiold A.P.Lyubartsev。六邊形定向DNA中離子分布和滲透壓的蒙特卡羅模擬研究。J.Phys.Chem。、v.99 p.10373(1995)。摘要
  2. Alexander P. Lyubartsev和Aatto Laaksonen從徑向分布函數計算有效相互作用勢:一種反向蒙特卡羅方法E, v.52 p.3730(1995)。抽象和文本

1996

  1. A. V. Broukhno, T. V. Kuznetsova, A. P. Lyubartsev和P. N. Vorontsov- Velyaminov“利用擴展統計集合的分子模擬方法計算晶格和連續模型框架內的聚合物的自由能”，Vysokomolekulyarnye soedinenya, V. 38a, P. 77-83(1996)。
  2. 沃龍佐夫- velyaminov, a.v.布魯赫諾，t.v.庫茲涅佐娃和a.p.柳巴采夫。“晶格和連續聚合物的擴展係綜法自由能計算”。J.Phys.Chem, v.100(4),頁(1996)科學通報;摘要:PostScript文件
  3. 柳巴采夫，羅·夫·瑞斯達爾，拉克索寧用擴展係綜法計算溶劑化自由能天然氣水合物會議。圖盧茲(法國)，1996年6月2-6日，第311-318頁。
  4. Aatto Laaksonen和A. P. Lyubartsev並行分子動力學模擬DNA係統PDC進展報告，1996,P. 121-126。Paralleldatorcentrum,斯德哥爾摩,1996。紙(PostScript文件)
  5. A.P.Lyubartsev, a . Laaksonen P.N.Vorontsov-Velyaminov。由化學勢確定自由能。擴展集成方法的應用”。分子模擬,18節(1)頁。43-58(1996)。抽象的;紙(PostScript文件)
  6. A.P. Lyubartsev和a.l aksonen濃度效應在NaCl水溶液中的作用。分子動力學模擬。J.Phys.Chem。, v.100(40), p.16410-18(1996)。摘要和輔助信息;摘要和文本來自JPC網站

1997

  1. A. p . Lyubartsev和A. Laaksonen《水合離子有效電位的滲透和活度係數》。, v.55(5) p.5689(1997)摘要;摘要和文本(APS網站)
  2. P. Lyubartsev . L. Nordenskiöld“DNA聚電解質的蒙特卡羅模擬研究”。多價多胺離子存在下的性質”。期刊。化學。B v.101 p.4335(1997)。抽象和文本
  3. L. Nordenskiöld, A.P. Lyubartsev, J. Tang, P. Janmey，“靜電誘導棒狀聚電解質束的形成”。蒙特卡羅模擬預測與FD和M13病毒粒子實驗的比較"材料研究學會研討會論文集第489期k2.8節(1997年)。摘要

1998

  1. 呂巴解夫，O. f . rrisdahl, A. Laaksonen“甲烷和堿鹵化物離子對的溶劑化自由能”。擴展係綜分子動力學模擬研究”。J.Chem。《物理學報》，vol . 38 (1)， pp. 227-233(1998)。Abstarct;紙(Postscript.gz)。
  2. P. Lyubartsev, A. Laaksonen“生物分子係統的平行分子動力學模擬”。《計算機科學》，1998年第1541期，296-303頁。紙(Postscript文件)。
  3. 柯羅廖夫，呂巴采夫，L. Nordenskiöld。“應用聚電解質理論描述Na+-和Mg2+-離子存在下DNA熔化”。Biophys。[導讀].中國科學院學報，1998年第3期。
  4. A.P. Lyubartsev, J. X. Tang, P. A. Janmey, L. Nordenskiöld“靜電誘導棒狀病毒顆粒的聚電解質結合”。理論物理。啟。， v.81, p.5465-5468 (1998) AIP網站摘要和PDF全文
  5. L. van Dam, A.P.Lyubartsev, a.l aksonen和L.Nordenskiöld“定向DNA纖維中Li+， Cs+和h2o的自擴散和締合。核磁共振和MD模擬研究。”J.Phys.Chem。[導讀].中華民族學報(1999)
  6. A.P.Lyubartsev和a.l aksonen < DNA在不同反離子溶液中的分子動力學模擬>。J.Biomol.Struct。Dyn.， v.16, pp.579-587 (1998)補充材料

1999

  1. A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen，“量子分子動力學模擬方法”，《NSC進展報告》，第35-37頁(國家超級計算機中心，Linköping, 1999)
  2. 呂巴采夫，“極端溶劑化熵的溶質水化的拓撲和空間方麵”，物理學報。E . v. 60, 4482-4495頁(1999)
  3. 來自APS網站的摘要和文本
  4. N.Korolev, A.P.Lyubartsev, A.Rupprecht和L.Nordenskiöld，“定向DNA纖維中Li+， Na+， K+離子與DNA競爭性結合的實驗和蒙特卡羅模擬研究”，J.物理。化學。B .第103頁(1999)摘要與正文。
  5. N.Korolev, A.P.Lyubartsev, A.Rupprecht和L.Nordenskiöld，“定向DNA纖維中Mg2+， Ca2+， Na+和K+離子與DNA的競爭性結合:實驗和蒙特卡羅模擬結果”，生物物理學報。[J] .(1999)摘要與文本。
  6. A.P.Lyubartsev A.Laaksonen。"從徑向分布函數重建對相互作用勢"計算機物理通信，vol . 121-122, p.57-59(1999)。紙(postscript文件)
  7. A.P.Lyubartsev A.Laaksonen。離子- dna相互作用的有效勢理論物理。， v.111, p.11207-11215(1999)。摘要和全文來自AIP網站

2000

  1. a . p.l yubartsev和a . Laaksonen, MDynaMix -一個可擴展的便攜式並行MD模擬包，用於任意分子混合物"計算機物理通信，v.128(3)， pp.565-589 (2000) MDynaMix下載頁麵
  2. K. Kulinska, T.Kulinski, A.P.Lyubartsev, a.a aksonen和r.w.a adamiak，空間分布功能作為核糖核酸水化分析的工具-分子動力學研究計算機與化學，第24頁(3-4)，第451-457頁(2000)
  3. 呂巴采夫和拉克索南，“從ab-initio模擬中確定對電位:在液態水中的應用”，化學與物理學報。第325節，第15-21頁(2000)
  4. 摘要和文本來自愛思唯爾科學
  5. (二)叔丁醇的計算機模擬研究。純液體中的結構。化學。B，第104卷，第9526-9532頁(2000)
  6. 呂巴澤夫，李誌強，李誌強，丁醇的計算機模擬研究。水溶液中的結構[j]。化學。B .第104章，第9533-9539頁(2000)。來自ACS網站的摘要和文本

2001

  1. N. Korolev, A.P.Lyubartsev, A.Rupprecht和L.Nordenskiöld，“定向DNA纖維中Na+和K+離子的Hexammine鈷的競爭性替代(III)”，生物高聚物，v. 58, pp. 268-278 (2001)
  2. 抽象和文本
  3. Lobaskin、Lyubartsev、Linse“不對稱電解質中的有效大離子-大離子電位”Rev. E, v. 63, 020401 (2001) PRE網站摘要和全文
  4. Lyubartsev, K. Laasonen和A. Laaksonen“Li+離子的水合作用”。分子動力學從頭算模擬[j]。理論物理。《中華人民共和國憲法》第114章，第3120-3126頁(2001)
  5. “二甲基亞碸和二甲基亞碸-水混合物的分子動力學模擬”。化學。A, v. 105, pp. 1702-1710(2001)摘自ACS網站的摘要和文本
  6. A. lyubartsev, M.Dahlberg和A. laaksonen，“在dmpc雙分子層中建立gramicidin離子選擇通道的模型-分子動力學模擬研究”，生物物理學會45年年會論文集;Biophys。J。,v.80,沒有。1第2部分，p.327a (2001)
  7. N. Korolev, A.P.Lyubartsev, L. Nordenskiöld和A. Laaksonen，“精胺:B-DNA晶體中的一種“隱形”成分:一個大的正則蒙特卡洛和分子動力學模擬研究”，J. Mol. Biol。(2001)摘自《科學》雜誌
  8. 呂巴采夫，“非均勻體係中溶劑效應的麥克米倫理論:水電雙層相互作用壓力的計算”。理論物理。中國科學院學報(自然科學版)，21 (4)，563 - 567 (2001)
  9. A.P.Lyubartsev, s.p.p jacobson, G. Sundholm和A. Laaksonen《有機化合物在水/辛醇體係中的溶解度》。log P參數的擴展係綜分子動力學模擬研究。化學。B, v. 105, pp. 7775-7782(2001)摘自ACS網站摘要和文本
  10. 呂巴塞夫、呂巴塞夫、艾裏克鬆、拉克索南，“泛素酮的分子動力學模擬:扭轉勢和氫鍵的研究”，物理學報。(2001)摘自Taylor&Francis

2002

  1. A.P.Lyubartsev和L.Nordenskiöld“聚電解質的計算機模擬”，在手冊的聚電解質及其應用，S. K. Tripathy, J. Kumar和H. S. nalwa, Eds。《美國科學出版社》，洛杉磯(2002)，第3卷，第11章，309-326頁。
  2. A.P. Lyubartsev和S. Marcelja水溶液中有效離子離子電位的測定E, v.65(4)， 041202 (2002) APS網站摘要和全文
  3. E. N. Brodskaya, A.P.Lyubartsev和A. Laaksonen大氣條件下含離子水團簇的分子動力學模擬。J.Chem。物理學報，vol . 39, pp.7879-7892 (2002
  4. N.科羅廖夫，A.P.Lyubartsev, A. Laaksonen和L. Nordenskiöld水、鈉離子和精胺在與DNA結合過程中的競爭。分子動力學計算機模擬研究“生物物理學”。J。,v.82頁。2860-2875(2002)生物物理學報。網站
  5. E. N. Brodskaya, A. p . lyubartsev和A. Laaksonen“大氣條件下含H+， OH-和H3O+離子的水團簇的研究”，j .物理化學。, v.106(25): pp. 6479-6487(2002)摘自ACS網站摘要和全文
  6. 唐家祥，楊建平，劉誌強，“金屬離子誘導絲狀病毒fd和M13的橫向聚集”，生物學報。j ., v。(2002)《生物物理學報》(英文版)網站。
  7. N. Korolev, A. P. Lyubartsev和L. Nordenskiöld應用泊鬆- boltzmann聚電解質模型分析單鏈、雙鏈和三鏈多核苷酸在K+、Na+和Mg2+離子存在時的平衡，J. Biomol。結構體。和動力學，v.20(2)， pp.275-290 (2002

2003

  1. R.A.Lohikoski, J. Timonen, A.P.Lyubartsev和A. Laaksonen十聚體D(ATGCAGTCAG)2在Li+ - H2O溶液中的內部結構和動力學:分子動力學模擬研究分子模擬，vol . 29(1)， pp. 47-62 (2003)
  2. “路徑積分蒙特卡羅方法中的熵采樣”，中華物理學報。答:數學。Gen. v. 36, pp. 685-693 (2003)文本(PDF)。
  3. A.P.Lyubartsev, e.f.h eld和R.W.York，“Boltzmann分布建模:Simbo(模擬Boltzmann)，計算機實驗室練習”。教育、v.80(1)，第109頁摘要要獲得linux的程序代碼，發送一個電子郵件請求。
  4. A.P. Lyubartsev, M. Karttunen, I. Vattulainen和a . Laaksonen關於逆蒙特卡羅方法的粗粒化:耗散粒子動力學模擬在軟物質建模中的精確工具，軟材料，vol . 1(1)， pp. 121-137 (2003
  5. A.V. Egorov, A.V. Komolkin, V.I. Chizhik, P.V. Yushmanov, A.P.Lyubartsev和a.a aksonen溫度和濃度對Li$^+$-離子水合作用的影響。分子動力學模擬研究。化學。中國科學(d輯:自然科學版)(2003)
  6. S.D.Ivanov, A.P.Lyubartsev和A.Laaksonen珠-傅裏葉路徑積分分子動力學物理。Rev. E, v.67, 066710(2003)摘要和全文(APS)
  7. N. Korolev, A. P. Lyubartsev和L. Nordenskiöld應用泊鬆玻爾茲曼聚電解質模型分析Na+和多胺陽離子存在下DNA的熱變性。生物物理化學，v.104, pp.55-66(2003)摘要和全文
  8. P. N. Vorontsov-Velyaminov和A. P. Lyubartsev在化學物理中的廣義係綜方法，化學物理研究進展，v. 4, pp. 63-78(2003)全文
  9. N. Korolev, A. P. Lyubartsev, A. Laaksonen, L. Nordenskiöld，多胺和鈉反離子定向DNA的分子動力學模擬研究。水和陽離子核酸的擴散和平均結合研究，vol . 31 (20)， pp. 5971 - 5981 (2003
  10. E.N.Brodskaya A.V.Egorov。A.P.Lyubartsev和a.l aksonen電離冰微晶體融化的計算機建模。理論物理。《中華人民共和國憲法》第118卷第10237頁(2003)

2004

  1. K. M. Åberg, A.P.Lyubartsev, s.p.b jacobson, a.l aksonen，用自適應擴展係合分子動力學方法測定溶劑化自由能。理論物理。(2004)摘自《中國科學》(JCP)，第120卷，第3770-3776頁
  2. N. Korolev, A. P. Lyubartsev, A. Laaksonen和L. Nordenskiöld定向多胺和Na- DNA的分子動力學模擬研究:序列特異性相互作用和對DNA結構的影響生物聚合物，v. 73(5)， pp. 542-555 (2004
  3. A. P. Lyubartsev和A. Laaksonen“在計算機模擬中分子自由度的減少”物理課堂講稿，第640期，第219 - 244頁(2004)PDF文本
  4. A. P. Lyubartsev“DNA反離子分布的分子模擬”Dekker納米科學和納米技術百科全書，pp. 2131 - 2143 Dekker(2004)摘要PDF文本
  5. “靜電背景下染色質纖維拉伸”。結構體。與Dyn.， v. 22(2)， pp. 215-226(2004)摘要PDF文本
  6. F. Mocci, A. Laaksonen, A. Lyubartsev和G. Saba“低聚DNA水溶液中Na-23核磁共振弛豫的分子動力學研究”。化學。中華人民大學學報(自然科學版)，第108(41)頁(2004)
  7. A.P. Lyubartsev“脂膜雙分子層的多尺度建模”，見:“材料的計算建模和模擬III”，P. Vincenzini和a . Lami, Techna集團，法enza，意大利。A部，53-60頁(2004)
  8. N. Korolev, A. P. Lyubartsev, A. Laaksonen和L. Nordenskiöld“多胺和鈉DNA的分子動力學模擬研究。多胺結合與DNA“Eur”結構的相互作用。Biophys。中華民族學報，第33(8)，第671—682頁(2004)
  9. J. M. Khalack和A. p . Lyubartsev“Na+- cl -離子對在液態水中的Car-Parrinello分子動力學模擬”，凝聚態物理學報，vol . 7(4)， p 683-698 (2004

2005

  1. “用Car-Parrinello分子動力學方法研究羥基自由基的溶劑化結構”。化學。《中華人民共和國民法》第109(2)頁(2005)摘要與正文
  2. 呂巴采夫《路徑積分蒙特卡羅方法中激發態的模擬和符號問題》。(2005)中華人民共和國高等教育學報(自然科學版)
  3. S. D. Ivanov和A. P. Lyubartsev“用珠子-傅裏葉路徑積分分子動力學模擬單電子和雙電子係統”。理論物理。， v. 123(3)， 034105(2005)摘要與正文
  4. A.P. Lyubartsev“脂質和脂質雙分子層的多尺度建模”，歐洲。Biophys。中華人民共和國學報，35(1)，pp. 53-61 (2005)
  5. N. A. Volkov, A.A. yurchenko, A. p . lyubartsev和P.N.Vorontsov-Velyaminov“自由鏈和環鏈聚合物的熵采樣”。理論與數值模擬，vol . 29 (8)， pp.491-504

2006

  1. A.V. Egorov, A.V. Komolkin, A.P.Lyubartsev和a.a aksonen“用分子動力學模擬研究Ni2+的第一和第二水化殼”化學。《會計》第115卷(2-3)，第170-176頁
  2. P.N.Vorontsov-Velyaminov, M.A.Voznesenski, D.V.Malakhov, A.P.Lyubartsev和a.v.b oukhno“量子統計問題中的路徑積分方法:廣義集成蒙特卡羅和密度泛函方法”。《數學與數學》，vol . 39, pp.4711-4716 (2006)
  3. N. Korolev, A.P.Lyubartsev和L.Nordenskiöld“計算機模型證明核小體DNA的靜電吸引是由組蛋白尾巴介導的”生物。學報，30 (6)，4305-4316 (2006)
  4. C.-J。Högberg和A.P.Lyubartsev“水化和溫度對二肉酰酰膽堿雙層結構和動力學性質影響的分子動力學研究”J.物理。化學。中國科學(d輯:自然科學版)，29 (6)，531 - 534 (2006)

2007

  1. J. Bunta, M. Dahlberg, L.Erikson, N.Korolev, a . laaksonen, R.Lohikoski, a . lyubartsev, M. pinak, P.Schyman《計算機中DNA的溶劑化、操縱、破壞和修複》。地球物理學報，27 (2):359 - 361 (2007
  2. N.A.Volkov, P.N.Vorontsov-Velyaminov和A.P.Lyubartsev“在Wang-Landau算法內的柔性聚電解質的熵采樣”中國科學(d輯:自然科學版)(2007)
  3. C.-J。Högberg, a . Maliniak和a . p.l yubartsev“在脂質雙分子層中帶電和不帶電利多卡因的動力學和結構特性”。化學。(2007)摘要與文本
  4. 一維相互作用電子:路徑積分蒙特卡羅研究。中國科學(d輯:自然科學版)(2007
  5. M. Nikitin, A. P. Lyubartsev“用於模擬液體乙腈及其水溶液混合物的新六位乙腈模型”，化學學報。， 28, 2020-2026 (2007
  6. j .比C.-J。Högberg, B. Stevensson, a . P. Lyubartsev，和a . Maliniak“分子構象在磷脂雙分子層提取從偶極耦合:計算機模擬研究”J.物理。化學。中國科學(d輯:自然科學版)(2007

2008

  1. C.-J。Högberg和A.P.Lyubartsev“局部麻醉利多卡因對脂質雙分子層靜電特性的影響”生物。《中華人民共和國民法》第94卷，第525-531頁;預印本Biofast;開放獲取全文
  2. L. Nordenskiöld, N. Korolev和A.P.Lyubartsev“DNA-DNA相互作用”，見:“DNA與聚合物和表麵活性劑的相互作用”，p. 209-238，編。R.Dias和B.Lindman, Willey InterScience, 2008。
  3. C.-J。Hogberg,點Nikitin和A.P.Lyubartsev“DMPC脂質雙分子層的CHARMM力場的修飾”，化學學報。，第29(14)節，第2359-2369頁;PDF。
  4. 卡斯特羅，斯蒂文森，德文斯基克，c.j。Högberg, A.P.Lyubartsev, H.Zimmermann, D. Sandström和A. Maliniak“NMR研究麻醉藥和脂質雙分子層之間的相互作用”。Biophys。《學報》第1778期，第2604-2611頁。抽象和文本

2009

  1. Y. Yang, A. P. Lyubartsev, N. Korolev和Lars Nordenskiöld“計算機建模揭示了組蛋白尾巴電荷的修改定義了核小體核心粒子的鹽依賴性相互作用”生物物理。J.第96卷第6期。摘要和文本
  2. 呂巴采夫，杜玉玉，劉誌軍，“從基本原理到中尺度的分層多尺度建模方法”，《納米工程學報》，第6期(5)，第951-959頁摘要與文本——一份證明副本
  3. 董克光，周國強，劉旭東，姚旭東，張勝，呂巴采夫，“碳納米管中離子液體有序結晶的結構證據”。化學。C、v . 113(23)。p. 10013-10020摘要和文本
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環境和毒理學研究傳單